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蛋白质组学
•钻研生物体产生的全副蛋白质。
• Foci：鉴定、构造测定、生物标志物、通路、表白。
基质辅助激光解吸航行工夫质谱 (MALDI-TOF) 法示例频谱
钻研动机
只有绝对较少的开源软件解决方案可用，而 R 平台则很少。
• 解决技术和生物复制的必要性。
• 绝对强度的定量令人不称心
• 钻研光谱校准对临床预后的影响。
• 模块化且易于定制的分析程序
示例数据
血清肽多姆剖析显示血小板因子 4 是与胰腺癌相干的潜在甄别肽
G.M. Fiedler，A.B. Leichtle，J. Kase et al Clin Cancer Res June 1，2009 15：3812-3819
“两个显著峰（m/z 3884;5959）对辨别患者和衰弱对照的敏感性为 86.3%，特异性为 97.6%。”
“基于 MALDI-TOOF MS 的血清肽球剖析容许发现和验证血小板因子 4 [m / z 3884，7767;S.G.]作为胰腺癌的新甄别标志物。
入手操作：文件导入
> spectra[[1]]
入手操作：画图
> abline(v=3884, col="blue")入手操作：画图 m /z 3884
> plot(spectra[[1]]
入手操作：方差稳固和平滑
> spea <- lapply(sptra, transfensty, fun=moAvg)入手实际：基线校正
> plot(spea[[1]]
> lines(b, col="red");入手操作：基线校正 – SNIP
> bl <- estiline(specta[[1]]
入手操作：基线校正 – SNIP
> speca <- lapply(spe, remoeline)
> lines(specra[[1]])实际：峰值检测
> peas[[1]]
> top <- intnsity(p) %in% sort(int
> labePeak
单光谱工作流程
> peaks <- lapply(spetra, detecPeaks)多光谱比拟
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