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图构造在事实世界中随处可见。路线、社交网络、分子结构都能够应用图来示意。图是咱们领有的最重要的数据结构之一。
明天有很多的资源能够教咱们将机器学习利用于此类数据所需的所有常识。
曾经有很多学习无关图机器学习的相干实践和资料，特地是图神经网络，所以本文将防止在这里解释这些内容。如果你对该方面不太熟悉，举荐先看下 CS224W，这会对你的入门有很大的帮忙。
本篇文章应用 PyTorch Geometric 来实现咱们须要的模型，所以首先就是装置
try:
# Check if PyTorch Geometric is installed:
import torch_geometric
except ImportError:
# If PyTorch Geometric is not installed, install it.
%pip install -q torch-scatter -f https://pytorch-geometric.com/whl/torch-1.7.0+cu101.html
%pip install -q torch-sparse -f https://pytorch-geometric.com/whl/torch-1.7.0+cu101.html
%pip install -q torch-geometric装置实现后导入咱们须要的包
from typing import Callable, List, Optional, Tuple
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
import torch
import torch.nn.functional as F
import torch_geometric.transforms as T
from torch import Tensor
from torch.optim import Optimizer
from torch_geometric.data import Data
from torch_geometric.datasets import Planetoid
from torch_geometric.nn import GCNConv
from torch_geometric.utils import accuracy
from typing_extensions import Literal, TypedDictCora 数据集
Cora 数据集蕴含 2708 篇迷信出版物，分为七类之一。援用的网络由 5429 个链接组成。数据集中的每个出版物都由一个 0/1 值的词向量形容，该向量示意字典中对应单词是否存在。该词典蕴含 1433 个独特的单词。
首先让咱们摸索这个数据集以理解它是如何生成的：
dataset = Planetoid("/tmp/Cora", name="Cora")
num_nodes = dataset.data.num_nodes
# For num. edges see:
# - https://github.com/pyg-team/pytorch_geometric/issues/343
# - https://github.com/pyg-team/pytorch_geometric/issues/852
num_edges = dataset.data.num_edges // 2
train_len = dataset[0].train_mask.sum()
val_len = dataset[0].val_mask.sum()
test_len = dataset[0].test_mask.sum()
other_len = num_nodes - train_len - val_len - test_len
print(f"Dataset: {dataset.name}")
print(f"Num. nodes: {num_nodes} (train={train_len}, val={val_len}, test={test_len}, other={other_len})")
print(f"Num. edges: {num_edges}")
print(f"Num. node features: {dataset.num_node_features}")
print(f"Num. classes: {dataset.num_classes}")
print(f"Dataset len.: {dataset.len()}")输入
咱们能够看到一些信息：
- 为了取得正确的边数，咱们必须将数据属性“num_edges”除以 2，这是因为 Pytorch Geometric“将每个链接保留为两个方向的无向边”。
- 这样做当前数字也对不上，显然是因为“Cora 数据集有反复的边”，须要咱们进行数据的荡涤
- 另一个奇怪的事实是，移除用于训练、验证和测试的节点后，还有其余节点。
- 最初就是咱们能够看到 Cora 数据集实际上只蕴含一个图。
咱们应用 Glorot & Bengio (2010) 中形容的初始化来初始化权重，并相应地（行）归一化输出特征向量。（Kipf & Welling ICLR 2017 arxiv:1609.02907）
Glorot 初始化默认由 PyTorch Geometric 实现，行的归一化目标是使每个节点的特色总和为 1，所以咱们必须显式的进行解决：
dataset = Planetoid("/tmp/Cora", name="Cora")
print(f"Sum of row values without normalization: {dataset[0].x.sum(dim=-1)}")
dataset = Planetoid("/tmp/Cora", name="Cora", transform=T.NormalizeFeatures())
print(f"Sum of row values with normalization: {dataset[0].x.sum(dim=-1)}")输入如下：
图卷积网络 GCN
当初咱们有了数据，是时候定义咱们的图卷积网络（GCN）了！
class GCN(torch.nn.Module):
def __init__(
self,
num_node_features: int,
num_classes: int,
hidden_dim: int = 16,
dropout_rate: float = 0.5,
) -> None:
super().__init__()
self.dropout1 = torch.nn.Dropout(dropout_rate)
self.conv1 = GCNConv(num_node_features, hidden_dim)
self.relu = torch.nn.ReLU(inplace=True)
self.dropout2 = torch.nn.Dropout(dropout_rate)
self.conv2 = GCNConv(hidden_dim, num_classes)
def forward(self, x: Tensor, edge_index: Tensor) -> torch.Tensor:
x = self.dropout1(x)
x = self.conv1(x, edge_index)
x = self.relu(x)
x = self.dropout2(x)
x = self.conv2(x, edge_index)
return x
print("Graph Convolutional Network (GCN):")
GCN(dataset.num_node_features, dataset.num_classes)
如果查看了 PyTorch Geometric 文档中的实现，甚至是 Thomas Kipf 在该框架中的实现，就会发现有一些不统一的中央（例如有两个 dropout 层）。实际上这是因为这两个都不齐全与 TensorFlow 中的原始实现雷同，所以咱们这里不思考原始实现，只应用 PyTorch Geometric 提供的模型。
训练和评估
在训练之前，咱们筹备训练和评估步骤：
LossFn = Callable[[Tensor, Tensor], Tensor]
Stage = Literal["train", "val", "test"]
def train_step(model: torch.nn.Module, data: Data, optimizer: torch.optim.Optimizer, loss_fn: LossFn) -> Tuple[float, float]:
model.train()
optimizer.zero_grad()
mask = data.train_mask
logits = model(data.x, data.edge_index)[mask]
preds = logits.argmax(dim=1)
y = data.y[mask]
loss = loss_fn(logits, y)
# + L2 regularization to the first layer only
# for name, params in model.state_dict().items():
# if name.startswith("conv1"):
# loss += 5e-4 * params.square().sum() / 2.0
acc = accuracy(preds, y)
loss.backward()
optimizer.step()
return loss.item(), acc
@torch.no_grad()
def eval_step(model: torch.nn.Module, data: Data, loss_fn: LossFn, stage: Stage) -> Tuple[float, float]:
model.eval()
mask = getattr(data, f"{stage}_mask")
logits = model(data.x, data.edge_index)[mask]
preds = logits.argmax(dim=1)
y = data.y[mask]
loss = loss_fn(logits, y)
# + L2 regularization to the first layer only
# for name, params in model.state_dict().items():
# if name.startswith("conv1"):
# loss += 5e-4 * params.square().sum() / 2.0
acc = accuracy(preds, y)
return loss.item(), acc模型将整个图作为输出，而输入和指标的掩码取决于是训练、验证还是测试。
还是来自 Kipf & Welling（ICLR 2017）：咱们应用 Adam (Kingma & Ba, 2015) 训练所有模型最多 200 个轮次，学习率为 0.01 并应用窗口大小为 10 的早停机制，即如果间断 10 个 epoch 验证损失没有缩小，咱们就进行训练。
这里的一些代码已被正文掉并且未真正应用，这是因为它尝试将 L2 正则化仅利用于原始实现中的第一层。个别状况下应用 PyTorch 无奈轻松地 100% 复制在 TensorFlow 中所有的工作，所以在这个例子中，通过测试最好的是使用权重衰减的 Adam 优化器。
class HistoryDict(TypedDict):
loss: List[float]
acc: List[float]
val_loss: List[float]
val_acc: List[float]
def train(
model: torch.nn.Module,
data: Data,
optimizer: torch.optim.Optimizer,
loss_fn: LossFn = torch.nn.CrossEntropyLoss(),
max_epochs: int = 200,
early_stopping: int = 10,
print_interval: int = 20,
verbose: bool = True,
) -> HistoryDict:
history = {"loss": [], "val_loss": [], "acc": [], "val_acc": []}
for epoch in range(max_epochs):
loss, acc = train_step(model, data, optimizer, loss_fn)
val_loss, val_acc = eval_step(model, data, loss_fn, "val")
history["loss"].append(loss)
history["acc"].append(acc)
history["val_loss"].append(val_loss)
history["val_acc"].append(val_acc)
# The official implementation in TensorFlow is a little different from what is described in the paper...
if epoch > early_stopping and val_loss > np.mean(history["val_loss"][-(early_stopping + 1) : -1]):
if verbose:
print("\nEarly stopping...")
break
if verbose and epoch % print_interval == 0:
print(f"\nEpoch: {epoch}\n----------")
print(f"Train loss: {loss:.4f} | Train acc: {acc:.4f}")
print(f"Val loss: {val_loss:.4f} | Val acc: {val_acc:.4f}")
test_loss, test_acc = eval_step(model, data, loss_fn, "test")
if verbose:
print(f"\nEpoch: {epoch}\n----------")
print(f"Train loss: {loss:.4f} | Train acc: {acc:.4f}")
print(f"Val loss: {val_loss:.4f} | Val acc: {val_acc:.4f}")
print(f"Test loss: {test_loss:.4f} | Test acc: {test_acc:.4f}")
return history
def plot_history(history: HistoryDict, title: str, font_size: Optional[int] = 14) -> None:
plt.suptitle(title, fontsize=font_size)
ax1 = plt.subplot(121)
ax1.set_title("Loss")
ax1.plot(history["loss"], label="train")
ax1.plot(history["val_loss"], label="val")
plt.xlabel("Epoch")
ax1.legend()
ax2 = plt.subplot(122)
ax2.set_title("Accuracy")
ax2.plot(history["acc"], label="train")
ax2.plot(history["val_acc"], label="val")
plt.xlabel("Epoch")
ax2.legend()须要留神的是，论文中形容早停逻辑与官网实现略有不同：并不是是验证损失不缩小比最初十个值的平均值而是当它更大时进行。
上面咱们开始训练
SEED = 42
MAX_EPOCHS = 200
LEARNING_RATE = 0.01
WEIGHT_DECAY = 5e-4
EARLY_STOPPING = 10
torch.manual_seed(SEED)
device = torch.device("cuda" if torch.cuda.is_available() else "cpu")
model = GCN(dataset.num_node_features, dataset.num_classes).to(device)
data = dataset[0].to(device)
optimizer = torch.optim.Adam(model.parameters(), lr=LEARNING_RATE, weight_decay=WEIGHT_DECAY)
history = train(model, data, optimizer, max_epochs=MAX_EPOCHS, early_stopping=EARLY_STOPPING)
后果还能够，咱们取得了与原始论文中报告的统一的测试准确度（论文中为 81.5%）。因为这是一个小数据集，因而这些后果对抉择的随机种子很敏感。缓解该问题的一种解决方案是像作者一样取 100（或更多）次运行的平均值。
最初，让咱们看一下损失和准确率曲线。
plt.figure(figsize=(12, 4))
plot_history(history, "GCN")
尽管验证损失继续降落了更长的工夫，但从第 20 轮开始，验证准确率实际上曾经稳固了。
援用
原始论文：
Semi-Supervised Classification with Graph Convolutional Networks：https://arxiv.org/abs/1609.02907
PyG (PyTorch Geometric) 文档：https://pytorch-geometric.rea…
作者：Mario Namtao Shianti Larcher
正文完
