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【摘要】基于华为云弹性云服务器 ESC（鲲鹏服务器），部署鲲鹏代码迁徙工具利用扫描迁徙工具进行源码剖析，依据扫描倡议批改源码，让源码在鲲鹏平台能够失常编译运行
零、前情提要先来说句题外话，最近华为鲲鹏 DevKit 训练营开始了，有趣味的同学能够试一试！
更多详情可参考鲲鹏开发者社区。一、指标基于华为云弹性云服务器 ECS，自行部署鲲鹏代码迁徙工具，实现鲲鹏代码迁徙工具实际——进行 Megahit 源码迁徙。利用扫描迁徙工具进行源码剖析，依据扫描倡议批改源码，让源码在鲲鹏平台能够失常编译运行。华为云弹性云服务器 ECS 配置：
二、操作前提 1. 认真观看迁徙工具的实战视频可到鲲鹏开发者社区查看，还有很多具体的文档资料啊。2.（可选）申请近程实验室因为 ECS 须要购买，如果不不便购买，能够到在鲲鹏社区申请收费的近程实验室，操作系统抉择 OpenEuler。不得不说，近程实验室的配置还是很弱小的啊。
申请之后，会收到一封邮件，邮件提供了账号等信息，留神要依照邮件领导，在 VPN 端登录，之后能力应用近程实验室。留神，请卸载除官网提供的 VPN 软件外的其余 VPN 软件，否则可能即便 VPN 登录胜利，也无法访问，切记！！！这是血泪教训。上面操作对 ECS 和近程实验室的操作都做了介绍，无论抉择哪种形式，都能够的！三、筹备工作如果你应用的是近程实验室，依照官网介绍，是关上工具的 web 网页，并进行登录。该 web 界面的 IP 地址，账号以及明码等信息在邮件中有具体阐明哦。留神如果提醒危险，要抉择持续哦。
登录后的界面为：
好了，就是先看看哈，验证下能够失常拜访近程实验室，前面会用到，这里咱们先来做筹备工作，用 MobaXterm 登录刚购买的 ECS 啊。上面筹备 Megahit 源码。这里简略介绍下哈，Megahit 是一个超疾速和内存高效的 NGS 汇编程序。它是针对多基因组优化的，但也实用于个别的单基因组组装和单细胞组装。须要留神的是 Megahit 源码包存在大量汇编，前面咱们会留神到迁徙到鲲鹏平台前须要辨认并验证通过“鲲鹏代码迁徙工具”迁徙后的代码是否正确，以及辨认出是否还有“鲲鹏代码迁徙工具”脱漏的相干文件。1. 应用 MobaXterm 工具，以 root 用户登录服务器。就是 ssh 登录，惯例操作了，如果看到相似如下界面，阐明登录胜利：
- 进入“鲲鹏代码迁徙工具”源码文件寄存门路。cd /opt/portadv/portadmin/sourcecode/
- 下载 Megahit 源码。git clone https://github.com/voutcn/meg…
- 将代码进行合并。留神如下代码不对，正确代码请见这小项最初。cd megahit/ && git submodule update -init
这里留神不要间接复制教程中所给的代码，因为教程中的 -init 中的 - 符号有问题，会报错如下：或者
其实 -init 中的 - 符号应该是英文下的才对，也能够看到批改后 -init 变为了蓝色，MobaXterm 就是强。
但看提醒如同还是不太对啊，认真看会发现打印信息给了提醒，应该是 –init。
cd megahit/ && git submodule update –init
应该是正确运行了，后果如图，没什么打印信息： - 创立构建文件夹并进入。mkdir build && cd build
- 生成 Makefile 文件。cmake .. -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release
留神，这里运行可能报错，如下：这可能是没有设置 cmake 门路或者没装置 camke，咱们应用如下命令，来看看：cmake –version
那来装置一下吧，不论有没有了，马上口头起来。这里我装置的是 cmake 3.15，不是最新版哈，上面来介绍下装置，来嘞。获取源码，并解压 wget https://down.24kplus.com/linu…
tar -zxf cmake-3.15.3.tar.gz
cd cmake-3.15.3
编译装置./bootstrap –prefix=/usr –datadir=share/cmake –docdir=doc/cmake
运行中的截图（这个过程有点长，大家能够先劳动一下哈）：
运行实现截图：
接下来执行命令：make
运行实现截图:
那么接下来执行命令：sudo make install
上面查看是否正确装置，执行如下命令：cmake –version
如果看到如下界面，示意胜利了：
好了，接下来能够执行之前的命令了：cmake .. -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release
失去运行后果：
- 批改 megahit 目录属组。cd ../
chown -R porting:porting *
四、源码迁徙上面是重头戏了哈，应用鲲鹏代码迁徙工具进行代码迁徙，就是用咱们之前关上的 Web 界面，连忙来试试吧。留神，Web 界面长时间不操作会主动退
出登录，须要从新登录留神，论坛发帖，编辑帖子工夫一长，也会显示保留问题，大家记得及时保留，最好，写一些就公布，之后再编辑，再公布，免得丢了内容（尽管有草稿箱），这都是血泪教学啊，切记！！！1. 源码剖析参数填充
上述参数阐明：源码文件寄存门路：抉择源码包 megahit/build，就是之前咱们可下载了 megahit, 这个很有意思，点击一下源码文件寄存门路的方框，就会弹出一个下滑栏，抉择咱们的门路即可：
指标操作系统：openEuler 20.03 这点没问题，这个在申请近程实验室的时候，咱们就说了要选这个零碎。编译器版本：GCC 7,3 这里要阐明下，作业帖给的是 BiSheng Compiler 2.1.0，应该是毕昇编译器，但没这个选项，那咱们就看看具体版本吧，在 MobaXterm 执行命令：python
能够看到：
嗯，是 GCC 7,3 无疑了。留神执行如下命令亦可：python3
好了，全选好了，就执行开始剖析吧！
这是运行中界面：
这是运行实现的界面：
- 工作执行胜利，查看源码报告。点击上图中右上角的报告即可查看，可跳转到如图界面：
- 点击报告源码迁徙倡议，查看须要迁徙的文件。留神，我这里提醒让跳转到最新报告查看，跳转即可，因为之前我运行了一次，如果你是第一次运行，不会有此问题哈。
咱们应该顺次单击上襦左侧文件列表，查看须要迁徙的文件。依据零碎提醒的批改倡议进行批改，鼠标点击内嵌汇编代码（cpu_dispatch.h）, 能够看到到处待批改点。如图所示的红色波浪线展现的局部。留神，咱们将光标悬停在待批改代码出，就会弹出批改倡议了
当然，咱们能依据给出的倡议手动批改，然而还有更便捷的主动批改哦，更快，不过留神主动批改后检查一下。主动批改很简略，在之前光标悬停的根底上，抉择 Quick Fix，如图所示：
之后在如下图所示的两个选项中任选一个即可。
来看看成果：这是第一处的批改后：
这是第二处的批改后：
这是第三处的批改后：
咱们认真看看这些长段的绿色正文局部，能够看到主动批改曾经给出了具体倡议。两处批改点所给的倡议应该还是精确，间接去掉正文，成果如下：
最初，千万别忘了点击 保留。要晓得，人生悲痛莫过于编辑的文件没有保留啊。
你认为这就完结了？当然没有，接着来吧！依据零碎提醒进行批改，鼠标移至构建文件（megahit_core.dir/flags.make）待批改点处，能够看到两处待批改点。
这倡议很中肯啊，应该是提醒 Kunpeng platform 不反对 BMI2 和 POPCNT 指令，手动批改代码，删除指令 -mbmi2 和 -mpopcnt 指令。这还没完，别忘了，还有一处呢！鼠标移至构建文件（megahit_core_popcnt.dir/flags.make）待批改点处，能够看到一处待批改点。
依据倡议提醒 Kunpeng platform 不反对 POPCNT 指令，手动批改代码，删除指令 -mpopcnt 指令。删除后，红波浪线马上就隐没了哈。
还是那句话，千万别忘了点击 保留。五、迁徙后从新编译这里就又回到 MobaXterm 了。1. 增加 KunpengTrans.h 头文件将 KunpengTrans.h 头文件增加到目录 /opt/poradv/portadmin/sourcecode/megahit/src/utils。执行如下拷贝命令：cp /opt/portadv/tools/inline_asm/config/KunpengTrans.h /opt/portadv/portadmin/sourcecode/megahit/src/utils/
- 再次执行 make 命令。cd /opt/portadv/portadmin/sourcecode/megahit/build/
make
在 ECS 上须要执行命令：cd /home/tjulitianyi/megahit/build
make
见证奇观的时候到了！难堪，报错了，连忙看看！
显示没有该文件，但这个文件 <x86intrin.h> 是 x86 相干的，应该是 x86 平台的零碎头文件，而咱们用的是鲲鹏处理器，基于 ARM 的，原本就没有这个文件哈。上面，执行 vi 命令进入文本，正文 11 行代码：vi /opt/portadv/portadmin/sourcecode/megahit/src/kmlib/kmrns.h
// #include <x86intrin.h> 改为 //#include <x86intrin.h>
对了，在英文模式下，单击键盘上的字母 I 就能编辑了。退出保留，须要先点击键盘左上角的 Esc 键，之后执行：:wq!
再次执行 make 命令，编译通过。留神，编译是比拟消耗工夫的，大家能够先劳动一下，瞭望远方，放松下眼睛。编译运行中界面：top 命令查看 CPU 运行状况：
通过大概 2 分钟的期待，编译实现了，期间运行内存在 3.5GB 高低浮动。实现界面如下图所示：
六、运行和验证记住啊，目前咱们是应用 MobaXterm 工具，以 root 用户登录近程实验室的服务器。1. 上面，进入可执行文件的装置目录。其实，就是当前目录，因为咱们之前就是在这个目录编译的，这里是为了再确认一下。cd /opt/portadv/portadmin/sourcecode/megahit/build/
- 执行以下命令运行：make simple_test
留神：make simple_test 里用到的.fa 文件是 github 上下载软件包的时候就自带了，无需额定下载。运行截图：最终运行后果展现：
搞定了，完结，撒花！！！结语如果是体验过程中，有哪些要反馈或吐槽的？1.VPN 连贯如果你应用的是鲲鹏社区的收费近程实验室，那么这个 VPN 算一个，我正在调试程序，竟然本人断开了，报错如图所示：
退出 VPN 再登录也不好用，有点不稳点吧。而且太耽搁进度了，我可就差从新编译验证了。好吧，其实我坦率，从新 make 时报错了，我正筹备定位问题，批改呢。正在兴头上，忽然就断了？？？不过我可能错怪它了，上图报错可能是我本地网络较差，通过重启电脑，期待之后就又能连贯上了。2. 鲲鹏迁徙工具的 Web 界面显示文件名称不全第二个就是鲲鹏迁徙工具的 Web 界面了，在源码迁徙倡议那里无奈查看残缺文件名称，鼠标悬停也不行，也无奈调整显示宽度，有点不敌对啊。
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