罕用的linux命令
1. 命令逻辑
在liunx中简直所有命令以及软件运行的逻辑，都是
命令或者软件名结尾+具体运行参数+文件名
命令逻辑（格局）：
命令 + 参数 + 文件
options parameter filename
例子1：
tar -zxvf data.tar.gz
例子2：
bowtie -v 0 -x 参考基因组 -1 reads1 -2 reads2 -S 输入文件
在例2中，
bowtie为命令;
-v,-x,-1,-2,-S都为参数；
参考基因组，输入文件，reads1/2为文件2. 命令快捷键
pwd: print working directory 显示工作目录
cd: change directory 切换目录
ls: list information about the files 显示当前目录文件信息
. : 当前目录
..: 下级目录
~ ： 家目录
/ : 根目录或者目录分隔符
Tab ：补全
Ctrl C : 终止工作 #遇到刷屏的时侯，很有用
Ctrl U : 剪切光标地位到行首的字符
Corl K : 剪切光标地位到行尾的字符
Ctrl L : 清屏
Ctrl E : 回到行尾
Ctrl A : 行首
Ctrl W : 剪切一个单词
Ctrl Y ： 粘贴
Ctrl Z : 暂停工作
3. CD命令（切换文件夹）
cd ##切换到下层目录 相对路径
cd ../.. ##切换到上下层目录 相对路径
cd / ##切换到根目录
cd /bin ##切换到根目录下的bin，绝对路径
cd ~ ##回到用户家目录
cd ##同上
cd - ##返回上一次的工作目录4.ls 显示当前目录文件信息
-a ##列出全副文件，包含暗藏文件
-l ##列出目录详细信息
-h ##将目录容量转换为人类易读形式 human
-s ##以文件大小排序 size
-t ##以工夫排序 time
-R ##递归目录列出文件
-d ##显示目录自身，而非目录下文件、
我罕用：ls -ltAh
每次输很麻烦，能够将这个命令写入到.bashrc文件中，
当前每次输出lr就能够了，如下图。
vim ~/.bashrc
alias lr='ls -ltAh --color' ### 5.建设文件夹或者文件
创立文件夹：
mkdir make a directory
mkdir fileName
创立文件：
touch 摸出一个文件，空格间断创立多个文件夹
touch 2 3 4 5
> 规范重定向符容许咱们创立一个 0KB 的空文件。
vim fileName 6. 文件命名规定和形式
规定：
不要用 / ，所有的字符都非法。
空格符、制表符、特殊字符 @ $ & ( ) - 等，
最好不要用。
形式：
连字符距离
my_first_type
蛇形命名
myFirstName
个别用连字符距离更好一点，防止出错### 7.文件挪动删除复制命名
- 挪动 mv filename 门路
- 重命名 mv file file2
- 复制 cp filename 门路
- 删除 rm 文件名
- 批量删除 rm -rf *共有文件名局部
- [-f] ## force 强制删除
- [-i] ## 在删除前揭示
- [-r] ## 删除文件夹
例如 rm -rf *fastq
删除所有以fastq结尾的文件。
8.创立软链接
- 相当于创立快捷方式
- ln link 链接
- 软链接（罕用）
- 硬链接（默认）
- 常见参数：不加参数为硬链接 加 -s 软链接
- ln -s 门路 (绝对路径)
- ln -s 指标文件 指标门路
9.文件夹和文件治理
- tar : tape archive 压缩或者解压文件
- -c ## 创立新的压缩文件
- -x ## 解压缩
- -f ## 输入后果到文件或设施
- -v ## 在解决文件时显示进度
- -j ## 输入bzip2
- -z ## 输入给gzip
- 解压 （罕用）
- tar -zxvf 压缩包名
- tar -zxvf *tar.gz (批量解压)
- 压缩 （罕用）
- tar -zcvf 压缩后的名称 待压缩文件名
10. 文件查看
- cat
-A ## 列出所有内容
-n ## 打印出行号
-b ## 参数仅打印出非空白行号
cat >file [>重定向] 看到的输入的一个文件里
cat >>file 不笼罩原文件内容，增加内容到文件里
- zcat 查看压缩文件
- tac 逆向查看
- head 看头十行 -n ##参数看多少行
- | 管道符 ## 前一个命令后果 输入到 上面命令
- tail -n 100 ##看后100行,默认10行
- more 主页查看 空格翻页，回车换行。
- less
- -N 显示行号
- -S 单行显示
- zless 查看压缩文件[[#^ua4qw9]]
- q 退出
- 空格翻页
- enter 下一行
- 上下左右查看文本内容
罕用 less -ns 单行查看并且显示行号
11. 文本查看 操作 统计
- wc 统计文本 words count
- -l 统计行数
- -w 统计字符串数
- -c 统计字节数
- cat fileName | wc -l
- cut #####文本切割
- -d ## 指定分隔符 默认 \t (制表符)
- -f ## 输入哪几列 （字段fields) 5，1-3
- less -NS 文件名 | cut -f 数字（第几列）
- less -S 文件 | cut -d 'F' 1
cat NPB_bwa_clean.out | cut -f 98,698 > NPB_bwa_clean_600line.bam
- sort #####排序
- -n 依照数值从小到大排序
- -V 依照字符串中含有的数值进行排序
- -r 逆向排序
- -k 指定区域
- -t 指定分隔符
- uniq :####去除反复行（只能去除相连的反复）
- -c 统计每个字符串间断呈现的行数
- cat file1 | cut -f 3 | sort | uniq -c
- paste #####文本合并（合并到文件的左边）
- -d 指定分隔符
- -s 按行合并
- cat 文件1 文件2 > 文件3 用于文件拼接12. 文件字符编辑
- tr #### 字符替换
- -d 删除指定字符
- -s 缩减间断反复字符
- cat 文件名 | cut -f 4 | head | tr ' ' '\t'（把空格替换成tab键）
- grep 文本搜寻工具，能够应用正则表达式匹配模式搜寻文本，并把匹配行打印进去
- -w word准确查找某个关键词
- -c 统计匹配胜利的行的数量
- -v 反向抉择，即输入没有没有匹配的行
- -n 显示匹配胜利的行所在的行号
- -r 从目录中查找pattern
- -e 指定多个匹配模式
- -f 从指定文件中读取要匹配的pattern
- -i 疏忽大小写
正则表达式 是对字符串操作的一种逻辑公式，就是用当时定义好的一些特定字符，及这些特定字符的组合，组成一个 ”规定字符串”，这个“规定字符串”用来表白对字符串的一种过滤逻辑。
- ^ 行首
- $ 行尾
- . 换行符之外的任意单个字符
- ？匹配之前项0次或者一次
- + 匹配1次或者屡次
- * 匹配0次或者屡次
- {n} 匹配n次
- ｛n,｝匹配至多n次
- ｛m,n｝至多m,最多n
- [] 匹配任意一个
- [^] 排除字符
- | 或者
- cat fileName | grep '^A'
- cat fileName | grep ')$'
流编辑器 个别用来对文本进行增删改查（间接显示屏幕上）
- sed -选项 ‘脚本’ 文件名
- -n 禁止显示所有输出内容，只显示通过sed解决的行
- -e 间接在命令模式下进行sed的动作编辑，接要执行的1或多个命令
- -i 间接批改读取的文件内容，不输入
- script 脚本
- 2 取第二行
- 2,4 取第二行到第四行
- 2，$ 取第二行到最初一行
- 2~3 从第二行开始，每隔三行取一行
- 2，+4 取第二行到2+4行
- /pattern/ 匹配上 pattern 的行
- [!]示意否定
- a: append 在指定行**后**增加一行内容为 a 前面接的字串
- i: insert 在指定行**前**减少一行 ,内容为 i 前面接的子串
- -d: delete 删除某一行或者某几行，也可指定删除匹配上的行
- c: change 扭转指定行的内容
- s 替换 应用格局为 ’s/pattern(要替换的字符)/new（字符）[flags]'
把pattern替换成new，默认只替换一个，能够指定flag替换多少
- y 转换 实现字符一对一转换 格局 ‘y/inchars/outchars/'
- p: print 把匹配或者批改的行打印进去，通常与-n联用
- sed提取某一行
sed -n '1,10p' > a.txt
- 统计特定字符串呈现的次数
grep -o targetStr 文件名 | wc -l
grep -o targetStr_1\|targetStr_2\|targetStr_3…… 文件名 | wc -l
awk -v RS="@#$j" '{print gsub(/N/,"&")}' 文件名本文由mdnice多平台公布
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