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罕用的 linux 命令
1. 命令逻辑
在 liunx 中简直所有命令以及软件运行的逻辑，都是
命令或者软件名结尾 + 具体运行参数 + 文件名
命令逻辑（格局）：
命令 + 参数 + 文件
options parameter filename
例子 1：tar -zxvf data.tar.gz
例子 2：bowtie -v 0 -x 参考基因组 -1 reads1 -2 reads2 -S 输入文件
在例 2 中，bowtie 为命令;
-v,-x,-1,-2,- S 都为参数；参考基因组，输入文件，reads1/ 2 为文件 2. 命令快捷键
pwd: print working directory 显示工作目录
cd: change directory 切换目录
ls: list information about the files 显示当前目录文件信息
. : 当前目录
..: 下级目录
~：家目录
/ : 根目录或者目录分隔符
Tab：补全
Ctrl C : 终止工作 #遇到刷屏的时侯，很有用
Ctrl U : 剪切光标地位到行首的字符
Corl K : 剪切光标地位到行尾的字符
Ctrl L : 清屏
Ctrl E : 回到行尾
Ctrl A : 行首
Ctrl W : 剪切一个单词
Ctrl Y：粘贴
Ctrl Z : 暂停工作
3. CD 命令（切换文件夹）
cd ## 切换到下层目录 相对路径
cd ../.. ## 切换到上下层目录 相对路径
cd / ## 切换到根目录
cd /bin ## 切换到根目录下的 bin，绝对路径
cd ~ ## 回到用户家目录
cd ## 同上
cd - ## 返回上一次的工作目录 4.ls 显示当前目录文件信息
-a ## 列出全副文件，包含暗藏文件
-l ## 列出目录详细信息
-h ## 将目录容量转换为人类易读形式 human
-s ## 以文件大小排序 size
-t ## 以工夫排序 time
-R ## 递归目录列出文件
-d ## 显示目录自身，而非目录下文件、我罕用：ls -ltAh
每次输很麻烦，能够将这个命令写入到.bashrc 文件中，当前每次输出 lr 就能够了，如下图。vim ~/.bashrc
alias lr='ls -ltAh --color' ### 5. 建设文件夹或者文件
创立文件夹：mkdir make a directory
mkdir fileName
创立文件：touch 摸出一个文件，空格间断创立多个文件夹
touch 2 3 4 5
> 规范重定向符容许咱们创立一个 0KB 的空文件。vim fileName 6. 文件命名规定和形式
规定：不要用 /，所有的字符都非法。空格符、制表符、特殊字符 @ $ & ( ) - 等，最好不要用。形式：连字符距离
my_first_type
蛇形命名
myFirstName
个别用连字符距离更好一点，防止出错 ### 7. 文件挪动删除复制命名
- 挪动 mv filename 门路
- 重命名 mv file file2
- 复制 cp filename 门路
- 删除 rm 文件名
- 批量删除 rm -rf * 共有文件名局部
- [-f] ## force 强制删除
- [-i] ## 在删除前揭示
- [-r] ## 删除文件夹
例如 rm -rf *fastq
删除所有以 fastq 结尾的文件。8. 创立软链接
- 相当于创立快捷方式
- ln link 链接
- 软链接（罕用）- 硬链接（默认）- 常见参数：不加参数为硬链接 加 -s 软链接
- ln -s 门路 (绝对路径)
- ln -s 指标文件 指标门路
9. 文件夹和文件治理
- tar : tape archive 压缩或者解压文件
- -c ## 创立新的压缩文件
- -x ## 解压缩
- -f ## 输入后果到文件或设施
- -v ## 在解决文件时显示进度
- -j ## 输入 bzip2
- -z ## 输入给 gzip
- 解压（罕用）- tar -zxvf 压缩包名
- tar -zxvf *tar.gz (批量解压)
- 压缩（罕用）- tar -zcvf 压缩后的名称 待压缩文件名
10. 文件查看
- cat
-A ## 列出所有内容
-n ## 打印出行号
-b ## 参数仅打印出非空白行号
cat >file [> 重定向] 看到的输入的一个文件里
cat >>file 不笼罩原文件内容，增加内容到文件里
- zcat 查看压缩文件
- tac 逆向查看
- head 看头十行 -n ## 参数看多少行
- | 管道符 ## 前一个命令后果 输入到 上面命令
- tail -n 100 ## 看后 100 行, 默认 10 行
- more 主页查看 空格翻页，回车换行。- less
- -N 显示行号
- -S 单行显示
- zless 查看压缩文件 [[#^ua4qw9]]
- q 退出
- 空格翻页
- enter 下一行
- 上下左右查看文本内容
罕用 less -ns 单行查看并且显示行号
11. 文本查看 操作 统计
- wc 统计文本 words count
- -l 统计行数
- -w 统计字符串数
- -c 统计字节数
- cat fileName | wc -l
- cut ##### 文本切割
- -d ## 指定分隔符 默认 \t (制表符)
- -f ## 输入哪几列（字段 fields) 5，1-3
- less -NS 文件名 | cut -f 数字（第几列）- less -S 文件 | cut -d 'F' 1
cat NPB_bwa_clean.out | cut -f 98,698 > NPB_bwa_clean_600line.bam
- sort ##### 排序
- -n 依照数值从小到大排序
- -V 依照字符串中含有的数值进行排序
- -r 逆向排序
- -k 指定区域
- -t 指定分隔符
- uniq :#### 去除反复行（只能去除相连的反复）- -c 统计每个字符串间断呈现的行数
- cat file1 | cut -f 3 | sort | uniq -c
- paste ##### 文本合并（合并到文件的左边）- -d 指定分隔符
- -s 按行合并
- cat 文件 1 文件 2 > 文件 3 用于文件拼接 12. 文件字符编辑
- tr #### 字符替换
- -d 删除指定字符
- -s 缩减间断反复字符
- cat 文件名 | cut -f 4 | head | tr '''\t'（把空格替换成 tab 键）- grep 文本搜寻工具，能够应用正则表达式匹配模式搜寻文本，并把匹配行打印进去
- -w word 准确查找某个关键词
- -c 统计匹配胜利的行的数量
- -v 反向抉择，即输入没有没有匹配的行
- -n 显示匹配胜利的行所在的行号
- -r 从目录中查找 pattern
- -e 指定多个匹配模式
- -f 从指定文件中读取要匹配的 pattern
- -i 疏忽大小写
正则表达式 是对字符串操作的一种逻辑公式，就是用当时定义好的一些特定字符，及这些特定字符的组合，组成一个”规定字符串”，这个“规定字符串”用来表白对字符串的一种过滤逻辑。- ^ 行首
- $ 行尾
- . 换行符之外的任意单个字符
-？匹配之前项 0 次或者一次
- + 匹配 1 次或者屡次
- * 匹配 0 次或者屡次
- {n} 匹配 n 次
- {n,}匹配至多 n 次
- {m,n}至多 m, 最多 n
- [] 匹配任意一个
- [^] 排除字符
- | 或者
- cat fileName | grep '^A'
- cat fileName | grep ')$'
流编辑器 个别用来对文本进行增删改查（间接显示屏幕上）- sed - 选项‘脚本’文件名
- -n 禁止显示所有输出内容，只显示通过 sed 解决的行
- -e 间接在命令模式下进行 sed 的动作编辑，接要执行的 1 或多个命令
- -i 间接批改读取的文件内容，不输入
- script 脚本
- 2 取第二行
- 2,4 取第二行到第四行
- 2，$ 取第二行到最初一行
- 2~3 从第二行开始，每隔三行取一行
- 2，+4 取第二行到 2 + 4 行
- /pattern/ 匹配上 pattern 的行
- [!] 示意否定
- a: append 在指定行 ** 后 ** 增加一行内容为 a 前面接的字串
- i: insert 在指定行 ** 前 ** 减少一行 , 内容为 i 前面接的子串
- -d: delete 删除某一行或者某几行，也可指定删除匹配上的行
- c: change 扭转指定行的内容
- s 替换 应用格局为’s/pattern(要替换的字符)/new（字符）[flags]'
把 pattern 替换成 new，默认只替换一个，能够指定 flag 替换多少
- y 转换 实现字符一对一转换 格局‘y/inchars/outchars/'
- p: print 把匹配或者批改的行打印进去，通常与 - n 联用
- sed 提取某一行
sed -n '1,10p' > a.txt
- 统计特定字符串呈现的次数
grep -o targetStr 文件名 | wc -l
grep -o targetStr_1\|targetStr_2\|targetStr_3…… 文件名 | wc -l
awk -v RS="@#$j" '{print gsub(/N/,"&")}' 文件名 本文由 mdnice 多平台公布
正文完
