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寻因生物是一家专一于单细胞技术的生物科技企业,领有自主研发的微孔芯片与油包水双技术单细胞捕捉平台,致力于通过国产高通量单细胞全链条产品及服务,将单细胞技术普适化利用于临床及药物研发,助力相干疾病钻研。
单细胞测序技术召唤更高计算性能
自单细胞测序技术问世以来,先后被 Nature Methods 评为年度技术,被 Nature 评为最值得期待的生物技术之一。相比于传统的检测技术,单细胞技术以细胞为钻研单位,用更高的分辨率揭示个体的发育及疾病产生倒退的机制。
更高的分辨率就意味着单细胞测序数据分析时须要更高的计算资源(更高的内存占用和 CPU 占用)。还要求数据分析人员有良好的编程根底、各种软件包的治理能力和较强的数据挖掘能力等,学习老本较高,这就导致了数据分析的通量和能力成为了单细胞技术疾速成绩转化的瓶颈。
阿里云 E-HPC+i4p,减速寻因生物数据分析效率
为了晋升数据分析的效率、简化用户操作流程,寻因生物基于千余我的项目实战经验自主研发出 SeekSoul Online 单细胞在线生信剖析云平台。
该平台部署在阿里云 i4p 长久内存型实例中,并在实例中应用了 Memory Machine 大内存软件,岂但齐全打消磁盘读写带来的 I/O 瓶颈,还使得数据加载和导出工夫从 1000 秒缩至 2.5 秒,工作的并发能力晋升了 5 倍以上。同时,搭配的阿里云弹性高性能计算平台(E-HPC),通过对立调度不同规格云服务器,主动在业务顶峰时扩容、低谷时开释,防止了资源节约,无效保障我的项目周期。
寻因生物生信数据科学家马兴勇示意:“正是在这些技术的加持下,让咱们的 SeekSoul Online 单细胞在线生信剖析云平台能够集成多款高耗资源软件,数据库等,通过疾速解决大规模单细胞测序数据,实现从单细胞数据质控到上游剖析,再到个性化剖析,一站式、可交互式单细胞数据分析操作。真正实现了将单细胞测序技术与 IT 基础设施联合在一起,达到了 1+1>2 的成果。”
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