关于程序员:ChIPseq-分析Peak-注释与可视化9

1. 基因正文

到目前为止，咱们始终在解决对应于转录因子联合的 ChIPseq 峰。顾名思义，转录因子能够影响其靶基因的表白。

转录因子的指标很难独自从 ChIPseq 数据中确定，因而咱们通常会通过一组简略的规定来正文基因的峰：

如果峰与基因重叠，则通常将峰正文为基因。

2. Peak 正文

ChIPseeker 是一个有用的基因峰正文包。通过在小鼠 TXDB 对象（mm10 基因组）的起源中应用预约义的正文，ChIPseeker 将为咱们提供峰落在基因中的地位以及到 TSS 位点的间隔的概览。

首先加载下一部分所需的库。

library(TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene)
library(org.Mm.eg.db)
library(GenomeInfoDb)
library(ChIPseeker)

annotatePeak 函数承受要正文的区域的 GRanges 对象、基因地位的 TXDB 对象和要从中检索基因名称的数据库对象名称。

peakAnno <- annotatePeak(macsPeaks_GR, tssRegion = c(-500, 500), TxDb = TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene,
    annoDb = "org.Mm.eg.db")

class(peakAnno)

后果是一个蕴含峰正文和整体正文统计信息的 csAnno 对象。

peakAnno

csAnno 对象蕴含无关基因的单个峰的正文信息。要从 csAnno 对象中提取它，ChIPseeker 函数 as.GRanges 或 as.data.frame 可用于生成具备峰及其相干基因的相应对象。

peakAnno_GR <- as.GRanges(peakAnno)
peakAnno_DF <- as.data.frame(peakAnno)
peakAnno_GR[1:2,]

3. 可视化 Peak 正文

当初咱们有了来自 ChIPseeker 的正文峰，咱们能够应用 ChIPseeker 的一些绘图性能来显示基因特色中峰的散布。在这里，咱们应用 plotAnnoBar 函数将其绘制为条形图，但 plotAnnoPie 会生成相似于饼图的图。

plotAnnoBar(peakAnno)

同样，咱们能够绘制 TSS 站点四周峰值的散布。

plotDistToTSS(peakAnno)

ChIPseeker 还能够提供一个简洁的图来形容正文之间的重叠。

upsetplot(peakAnno, vennpie = F)

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