一、 面向用户群
App 面向所有的智能手机用户，约 23 亿台；小程序面向微信用户，约 8 亿用户。
二、 功能的实现
App 可以实现完整功能，灵活性强；小程序仅限微信提供的接口功能。小程序低频、非刚需、轻量级、功能单一，高频刚需还是要靠 APP。
小程序提供框架和 API，基于 HTML5 进行开发，对接开发者现有的 APP 后台的用户数据，其开发难度比 APP 低。虽说是小程序但是也能够实现很多功能，比如消息通知、线下扫码、公众号关联等。小程序还能帮你查找附近的一些应用，这又方便了不少。但是对于一些需要大量计算的功能类应用，如图片处理或文档编辑，小程序是无法满足的。小程序更贴近于生活中的吃喝玩乐。
APP 的视觉效果设计得更加人性化和绚丽。开发设计者的能力有多大，APP 就越让人惊艳。因此，APP 能够在交互、视觉等用户体验上满足用户的高要求。如果你想要一个更丰富、更细化、个性化的功能，这都是需要更大容量来实现，那么这就需要在 APP 上去承载。
三、自主性
小程序的优势就是背靠微信，引流效果好。但是微信对小程序进行了诸多限制，特别是流量获取方面，很多使用的营销策略在小程序被腾讯禁止，比如三级分销，腾讯封号严重而且没有事先的警告，很难申述；而 APP 内部的功能、内容由运营者全权把控。
四、发布展现
就发布上来讲，APP 需要向十几个应用商店提交资料，流程繁琐；小程序只需要提交到微信公众平台审核。
就展现来讲，App 可根据自己需求放置手机屏幕位置，随手可点击打开；小程序只有一个基于使用顺序排列的列表，不能直接点击，需要打开微信 - 发现 - 小程序，过程相对冗长。
五、 下载安装
App 需要用户主动下载，对网络环境依赖性强；小程序通过二维码、微信搜索等方式直接获得。微信是一个集中展示小程序的商店，我们只能通过二维码或者搜索小程序的名称，以及微信群或好友分享来使用小程序。
APP 可以在 APPStore，Android 市场，360 手机助手、百度应用、安全管家等应用市场进行下载安装。下载渠道是相对较多的。
小程序是与微信一同占用手机空间，内存较小，对于手机内存较小的用户，微信小程序就是一个福音。而 APP 需要独立下载，占用内存较多。
六、 开发周期
因为微信小程序实现的功能较少，大大虽短了开发周期，其平均开发周期只需 2 周的时间。那么一个完整的 APP 平均开发周期需要 1 个月。开发一个 APP 的时间花费是小程序的 2 倍，甚至更多。
总的来说，微信小程序和 APP 是各有各的优势。微信小程序时间和资金投入较少，能够满足一些初创团队。APP 能够满足一些复杂度高的产品，适合比较成熟的公司。
七、开发成本
App 的界面内容更丰富，运转速度快，系统更加流畅，从表面上看小程序是 APP 的缩减版，但实际上，小程序在界面流程上进行了大量的简化，实现的只是核心服务。小程序在很多功能、用户体验等方面还是比不上 APP，但是小程序开发成本比 APP 要低得多，并且不允许推送广告。