关于r语言:Rt1啦上海疫情流行趋势分析
上海新冠疫情可视化面板 根本再生数R0是指在一个齐全易感人群中,没有任何干涉措施的状况下,一个被传染病病原体感化的个体所能引起的第二代感化病例数,罕用于掂量病原体本身的流传力。(“流行病学专家解读| 传染病的无效再生数与根本再生数,” n.d.) 时变再生数Rt能够了解为真实世界(往往有干涉措施,人群不是齐全易感)情景下,t时刻的再生数,受干涉措施,感染者及易感者比例等因素影响,随工夫变动而变动。隔离等干涉措施的指标在于将Rt升高至1以下,Rt \< 1意味着新增病例数将逐步缩小,疫情失去管制。 应用R语言EpiEstim包预计Rt(Thompson et al.2019),须要假如系列距离(serialinterval)的散布,本文中假如系列距离均值为4天,标准差为2天(“新型冠状病毒Omicron变异株的流行病学特色及其迷信防控倡议,”n.d.)。应用EpiEstim包默认的1周滑动窗进行剖析。后果如下: library(tidyverse)library(EpiEstim)library(patchwork)## load datacase.asym.wider.sh<-read.csv('https://raw.githubusercontent.com/shalom-lab/covid.sh/main/local/share/case.asym.wider.sh.csv')# observationcases<-case.asym.wider.sh %>% select(date,pos) %>% mutate(date=as.Date(date)) %>% rename(I=pos,dates=date)## make configconfig <- make_config( mean_si = 4, std_si = 2)## estimateres <- estimate_R( incid = cases, method = "parametric_si", config = config)#plot(res)res.r<-res$R %>% as_tibble() %>% rename(mean=`Mean(R)`,std=`Std(R)`,lbd=`Quantile.0.025(R)`,ubd=`Quantile.0.975(R)`) %>% mutate(date=cases$dates[res$R$t_end])res.si <- as_tibble(list(time=as.integer(str_sub(names(res$si_distr),2)), frequency=as.vector(res$si_distr)))p1<-ggplot(data = cases,aes(x=dates,y=I))+ geom_col(fill= "#AD002AFF")+ scale_x_date(date_breaks = "2 days",date_labels = "%m/%d",expand = c(0,0.5))+ labs(x="",y="每日新增阳性数",title="Epidemic curve")+ theme_bw()+ theme(axis.text.x = element_text(angle=45,vjust=0.5,hjust = 0.5))p2<-ggplot(data = res.r,aes(x=date,y=mean))+ geom_ribbon(aes(ymin=lbd,ymax=ubd),fill= "#AD002AFF",alpha=0.2)+ geom_line(size=1,colour= "#AD002AFF")+ geom_hline(yintercept = 1,size=1,lty=2)+ scale_x_date(date_breaks = "2 days",date_labels = "%m/%d",expand = c(0,0.5),limits = c(as.Date('2022-03-09'),Sys.Date()-1))+ labs(x="",y="时变再生数Rt",title='')+ theme_bw()+ theme(axis.text.x = element_text(angle=45,vjust=0.5,hjust = 0.5))p3<-ggplot(data = res.si,aes(x=time,y=frequency))+ geom_line()+ labs(x="Time",y="Frequency",title='Assumptive Serial Interval Distribution')+ theme_bw()p1+p2+plot_layout(ncol = 1)p3结果显示目前时变再生数Rt已降至1以下,Rt继续处于1以下将示意疫情失去无效管制,心愿持续放弃,期待早日解封~ ...