关于科学计算:重磅技术详解百度最新生物计算研究成果登上Nature正刊

北京工夫5月2日凌晨,百度生物计算畛域获得重磅冲破,名为 LinearDesign 的研究成果胜利登载在国内顶级学术期刊《天然》杂志上。这是中国科技企业首次以第一实现单位的身份发表论文于《天然》杂志,论文还被获准成为少有的 Accelerated Article Preview (AAP) 减速发表论文,中国科技企业成绩在寰球科研畛域失去高度认可。 那么,LinearDesign 到底解决了什么问题,得以登上权威学术期刊 Nature?它又是通过什么技术来实现的呢?明天,咱们就来深度解读一下 LinearDesign 算法。 背景常识:mRNA 以及 mRNA 疫苗想弄明确 LinearDesign,首先须要理解 mRNA 以及 mRNA 疫苗。依据中心法则,DNA 转录生成 mRNA,mRNA 翻译产生蛋白质; mRNA 是遗传信息从 DNA 传递到蛋白质的桥梁。同时,人们也能够通过人工合成 mRNA 并转染到细胞内,来生产蛋白质;mRNA 疫苗正是基于此原理。疫苗简略来说是利用特定抗原(蛋白质)刺激免疫系统,产生特异性抗体,当病毒入侵时,这些抗体会毁灭病毒,爱护人体。而 mRNA 疫苗由泛滥包裹在脂质体颗粒内的 mRNA 分子形成,进入人体后,这些 mRNA 分子翻译为抗原蛋白,并产生免疫反馈,造成爱护力。 新冠 mRNA 疫苗,是第一款胜利上市的 mRNA 疫苗。mRNA 疫苗和药物也被认为是下一代药物,被业界寄予厚望。然而 mRNA 分子不稳固这一先天不足,仍极大的限度了 mRNA 新疫苗和药物研发。mRNA 分子在存储和散发过程中也容易降解,须要依附冷链技术,老本高,也限度了其在发展中国家的利用;mRNA 分子在体内的半衰期很短,导致药物效劳较低。咱们研发的 LinerDesign 算法,就是通过 AI 算法,设计优化 mRNA 药物分子序列,晋升其稳定性和有效性。 LinearDesign 是 mRNA 序列设计算法那么什么是 mRNA 序列设计?具体来说,mRNA 编码区域上的每3个碱基造成一个密码子(codon),一个密码子翻译生成一个蛋白质序列上的氨基酸。但因为密码子品种(64种)多于氨基酸品种(20种),一个氨基酸能够由多个不同的密码子翻译产生。比方亮氨酸(leucine)就能够由6种不同的密码子翻译产生。因而,不同的 mRNA 序列,能够生成同一个蛋白质序列。以新冠 mRNA 疫苗为例,实践上共有2.4´10632个不同的 mRNA 序列都能够翻译成抗原S蛋白。而这些 mRNA 序列在稳定性、蛋白表白程度、免疫原性上差别微小。而 mRNA 序列设计,就是要从海量的 mRNA 候选序列中,找出最优的 mRNA 疫苗序列。下图给出了新冠 mRNA 疫苗设计的例子。图1a 展现了2.4´10632mRNA 候选序列是怎么计算出来的,图1b 展现了野生型序列(左侧)和 LinearDesign 算法设计的序列(右侧)在稳定性上的微小区别。 ...

May 5, 2023 · 2 min · jiezi

关于科学计算:独家合作百度飞桨AI4S最新成果亮相香港力学盛会PINN方法获得沪港众学者关注

AI 倒退七十余年,每一项技术性冲破都给人类将来开拓新一种可能。而 AI 与科学研究的深度交融,则会裂变出更多可能性。AI for Science 对前沿科研所赋予的减速作用,将对人类社会和经济倒退有着更为根底,也更为深远的影响。同时,AI for Science 的利用也不仅仅局限于根据已知迷信原理来高效验证或试错,它也让更多的科研人员可能基于 AI 在更简单的场景中做摸索,联合数据反推简单景象中更为精确的物理法则。4月15日,第 26 届香港力学学会年会暨第 18 届沪港力学论坛在香港理工大学召开。此次会议由香港力学学会、上海市力学学会、香港理工大学和香港科技大学联结主办,百度飞桨独家单干,为始终在力学及相干畛域工作的科学家和工程师提供交流平台,并增进相干方面的单干。百度飞桨作为惟一的企业合作方,为此次大会提供了 AI 行业的企业视角,联结科研生态力量,与主办方一起推动 AI for Science 的倒退。 参会人合影 本次会议共收录了 76 篇摘要,其中来自上海市力学学会的 32 篇,香港力学学会的 43 篇,百度飞桨 1 篇。在会议的主论坛上,香港科技大学李贻昆传授、上海交通大学廖世俊传授、百度飞桨陈其朋博士、北方科技大学洪伟传授和上海大学庄启亮传授进行了主题演讲,论述了对人工智能驱动流体力学倒退的观点和科研停顿。会议共吸引了 100 多位来自上海及大湾区高校的老师与学生参会,大家独特探讨力学前沿钻研及其在各学科与工程畛域的利用。会后大家还参观了香港理工大学和香港科技大学的流体力学实验室,并进行了深刻的交换。 主题分享:PaddleScience 最新科研停顿陈其朋博士分享 作为百度飞桨科学计算团队的代表,陈其朋博士做了主题为“ Application of Physics-Informed Neural Network on Partial Differential Equation Solving ”的报告,重点介绍了百度飞桨在采纳基于物理信息的神经网络( Physics-Informed Neural Network, PINN )办法求解流体力学和结构力学畛域偏微分方程的钻研工作。与传统办法的不同之处在于,PINN 办法基于高阶主动微分机制,间接在离散的时空坐标点上迫近形容物理问题的偏微分方程,从而防止了“维度爆炸”、数值精度低等问题;同时,其模型能够提供更大的泛化后劲,一经训练即可不限次数进行推理预测,在设计优化方面具备非常重要的意义。 百度飞桨提供自研科学计算工具组件赛桨 PaddleScience 及全量反对 DeepXDE ,实现了对 PINN 办法的全量反对,本次报告别离介绍了采纳半监督 PINN 办法和无监督 PINN 办法钻研流体力学畛域的圆柱绕流问题和构造畛域的弹性挠曲问题。在圆柱绕流问题中,基于大量监督数据和残缺物理信息( Navier-Stokes 方程及相干初边值条件),PINN 办法精确模拟出了瞬态流场的周期性变动。同时,钻研了粘性扩散项对求解过程中的内存、计算工夫、收敛状况、后果精度等方面的影响。在弹性绕曲问题中,PINN 办法齐全基于物理信息( 4 阶挠曲方程及相干边界条件)实现了无监督求解,并对桥梁、船舶、机翼等场景中平板和梁的挠曲问题进行了钻研,相干后果取得了验证。 ...

May 5, 2023 · 1 min · jiezi

关于科学计算:使用飞桨高阶自动微分功能探索AI结构领域科研

在工程和迷信畛域,AI与迷信办法的联合正在解决更多经典迷信问题,并在固体、流体、传热、资料等越来越多的畛域失去了验证。为了更好撑持科研人员发展AI与基础学科的穿插交融钻研,百度飞桨不断完善框架能力,提供反对AI+科学计算的复数算子、高阶主动微分机制以及高性能编译等等。本期咱们聚焦构造畛域中的“高阶”物理机理,向大家阐明飞桨如何利用“高阶主动微分算子”解决构造畛域中的经典问题。在案例中,咱们将介绍如何应用飞桨框架对4阶以上偏微分方程进行无监督求解,同时联合DeepXDE或赛桨PaddleScience等科学计算工具组件取得更好的开发体验。 01 构造畛域背景与痛点在构造畛域中,飞机机翼桁架、汽车底盘、轮船甲板等机械结构件的受力变形、毁坏以及疲劳伤害等都是最典型的“力学”工程难题,解决好这些经典工程挑战无论对根底科研或工程利用都具备非常重要的意义。 传统的构造分析方法包含有限元法、无限差分法、边界元法等,通常须要大量的计算资源和人力投入,这会限度模型的规模和精度。近年来,基于物理信息神经网络(PINN)的AI办法逐步被利用于构造畛域的物理方程求解,这类办法广泛被认为兼具晋升计算速度与升高人力投入的劣势。 不同于经典NLP、CV等畛域问题,其中少数工作都是基于梯度降落算法进行优化,只须要一阶导数(即梯度)来更新模型参数。物理问题通常须要应用高阶微分方程(ODEs/PDEs/fPDEs/IDEs)及相应的初边值条件来形容物理机理,这要求交融物理机理的AI办法可解决高阶微分。目前深度学习框架中高阶微分算子往往通过手写、组合等形式实现,尤其是4阶以上微分算子的定义难度及实现工作量都十分大。 02 构造畛域问题求解原理构造畛域问题形容 构造畛域问题通常可用均衡微分方程、几何方程和物理方程来形容,其通用模式个别很难求解。理论利用中多应用简化方程,如宽泛存在的立体问题,从而升高求解难度。针对二维线弹性问题,咱们能够找到某些标量来代表应力函数,从而可取得同时满足均衡微分方程和相容方程的标量微分方程。在疏忽体积力的状况下,二维线弹性问题可由以下偏微分方程形容: (1) 式中,是极坐标系(r,)下的Airy应力函数。在直角坐标系中,该偏微分方程可形容如下:                             (2) 式中,(x,y)=r(sin,cos)。以上方程也被称为双调和方程,它通过一个对立的表达式来形容立体线弹性问题。 实践上,基于方程(1)或(2)以及充沛的边界条件,即可实现问题求解。然而,因为方程蕴含四阶双调和算子∇4,传统数值办法须要应用更高阶的单元和算法能力进行求解,而其计算工夫和老本是极高的,大型简单构造问题中则广泛面临着“维度爆炸”、精度低、求解难等问题。比照传统求解办法,PINN办法具备自适应采样、非线性激活函数、并行计算等特点,能够将PDEs嵌入到神经网络中,可无效地解决高维空间和简单几何形态的问题。 一旦求解取得Airy应力函数,则可计算应力重量如下: (3) 采纳胡克定律,则可计算应变重量如下: (4) 式中,对于立体应变和立体应力问题,k别离取3-v和(3-v)(1+v);可取为剪切模量G,v为泊松比。通过以上高阶偏微分方程,咱们能够对构造畛域的典型问题进行定义。不同于传统的数值差分的计算方法,基于给定的偏微分方程,利用PINN办法可在无监督的状况下间接对构造畛域问题进行求解,具体如下。 PINN办法求解构造问题 围绕构造畛域中高阶微分方程所形容的工程和迷信问题,飞桨框架能够反对PaddleScience和DeepXDE科学计算工具组件构建相应的PINN求解模型,并针对后面形容的二维线弹性构造问题,构建了求解应力函数的PINN模型,如图1所示。 图1 构造畛域PINN求解模型 该求解模型引入二维线弹性构造问题的管制方程和边值条件,这些物理信息束缚不仅升高了神经网络对数据的依赖,也升高了对网络复杂度的要求,使得采纳一个简略的全连贯网络即可实现二维线弹性构造问题的求解。 同时为了解决该畛域中高维偏微分方程的定义与求解,飞桨一方面在框架中减少高阶微分算子,另一方面构建根底算子体系,可反对不限阶数的主动微分。目前,飞桨曾经反对绝大多数算子的有限阶主动微分,以及局部算子的无限阶主动微分,次要算子简述如下: 有限阶主动微分包含标量与Tensor之间的加、减、乘、除、幂运算,elementwise系列运算、矩阵乘matmul、激活函数tanh,以及assign、concat、cumsum、expand_v2、reverse、squeeze、unsqueeze、scale、tile、transpose、sign、sum、mean、flip、cast、slice等; 无限阶主动微分sin、cos、sigmoid等算子反对三阶计算。基于飞桨最新提供的有限高阶主动微分(AD)算子,咱们也可在飞桨全量撑持的DeepXDE科学计算工具中,通过导入paddle.fluid中的core模块,利用deepxde.gradients.jacobian和deepxde.gradients.hessian可别离计算一阶和二阶微分,以及通过它们的任意组合来实现高阶微分。对此,咱们基于飞桨实现了PINN办法求解构造畛域中1维梁变形、2维立体受载两类典型问题求解,并失去与实践解统一的后果。 03 典型案例介绍上面依据后面给出的二维线弹性问题PINN求解模型,介绍基于飞桨联结科学计算工具DeepXDE构建的构造畛域典型案例,包含欧拉梁挠度计算、矩形平板集中受载基准案例、圆形平板散布受载基准案例(具体可见DeepXDE构造畛域科学计算案例)。 一维欧拉梁问题 欧拉梁(Euler beam)是被用来形容长条形物体蜿蜒静止的物理模型。在桥梁、飞机机翼、吊桥等泛滥状况下,都能够用欧拉梁模型来形容这些物体的蜿蜒、扭转和振动等静止。欧拉梁模型假如物体是修长且刚性的,能够在一个立体上自在蜿蜒,其几何通常可被简化为一维。DeepXDE的官网目录examples / pinn_forward下蕴含该类案例的一个具体实例Euler_beam.py,其对应的管制方程如下:(5) 式中,w为挠度,也即选取的应力函数。其边界条件可形容如下:左端点(x=0)固定,因此其扰度和转角为零,即: (6) 右端点(x=1)承载,因此其弯矩和剪切力为零,即: (7) 依据以上给出的挠度四阶方程和边界条件,基于DeepXDE能够简略地构建相应的PINN求解模型,次要步骤的代码如图 2所示。 图 2 一维欧拉梁问题的PINN求解模型代码 采纳以上代码能够求解欧拉梁的挠度,后果如图 3所示。能够看出,梁的左端因为固定而挠度为0,从左到右逐步增大。 图 3 欧拉梁问题的PINN求解后果 矩形平板散布受载基准案例 图 4 散布载荷作用下的矩形平板基准案例Vahab M, Haghighat E, Khaleghi M, et al. A physics-informed neural network approach to solution and identification of biharmonic equations of elasticity, 2022. ...

March 15, 2023 · 1 min · jiezi

关于科学计算:Mac上的科学计算软件Mathematica-13

Mathematica 13 for Mac(科学计算软件),是Mac平台上致力于科学计算的软件,很好地联合了数值和符号计算引擎、图形系统、编程语言、文本零碎、和与其余应用程序的高级连贯。很多性能在相应畛域内处于世界领先地位,它也是应用最宽泛的数学软件之一。是迷信工作者和其余专业人士必备的一款软件! 装置Mathematica 13

August 4, 2022 · 1 min · jiezi

关于科学计算:Wolfram-Mathematica-123免费安装教程

留神,本文介绍的Wolfram Mathematica仅为学习用处,如果有条件请反对正版。本文参考自贴吧激活教程,有Github账号的能够点赞反对原作者。 https://github.com/TieBaMma/InstallTutorial/blob/gh-pages/index.md软件下载目前Mathematica最新版为12.3,仅反对Win 10 1709以上,如果你的零碎并不满足需要,请参考以上链接寻找合乎你零碎的版本。如果你的零碎合乎,能够间接拜访上面的链接下载文件,如果页面呈现问题多刷新几次就好。 https://wdm.undo.icu/wyd/Mathematica/12.3.1.0/CN/下载实现之后的是一个iso文件,最好先校验一下。校验实现当前就能够挂载镜像并找到其中的setup安装程序开始装置。 软件激活装置实现之后就能够开始激活了,这里咱们抉择手动激活。 而后拜访上面的链接,关上在线注册机的页面。 https://ibug.io/blog/2019/05/mathematica-keygen/而后回到手动激活的窗口,复制你本人的ID。 粘贴到在线注册机的ID栏中,而后点击Generate生成密钥和明码,而后就能够将密钥和明码填写到Mathematica的激活框中,这样就实现了激活工作。 而后咱们就能够利用Mathematica的弱小性能进行一些计算了! 新创建的公众号,当前有内容都会优先发到公众号上,欢送关注。

November 3, 2021 · 1 min · jiezi

关于科学计算:环球科学-2020年9月刊中国版

“迷信美国人”独家受权中文版。洞察科技改革,分享寰球科学家智慧与卓越见解!电子杂志独家登载超清大图,大到天体小到细胞,巨清晰!全网最低价,迷信爱好者不可错过!前所未有的超长收费试读! 《环球迷信》是《迷信美国人》(Scientific American)独家受权中文版。《迷信美国人》是寰球科技媒体第一品牌,创刊于1845年,领有15个国内版本,迄今已有151位诺贝尔奖得主撰稿,为全世界超过500万读者提供无关科技的前瞻报道与深度解读。 作为独家受权的中文版,《环球迷信》因循了《迷信美国人》谨严、主观的报道格调,同时专一外乡话题报道,以多元化、国际化角度为迷信爱好者与社会精英阶层提供无关科技和商业的重要参考。 【破解宏观量子效应】 一个量子景象如何成为宏观景象?要晓得,这就如同是一场由万万亿个电子演奏的交响乐,它们不须要指挥大师,就能逾越浩瀚的原子间间隔维持着个体的曲调。 【用纸片监测火灾】 钻研团队示意,他们研发的新型传感器可搁置于树干根部左近,如果周边温度急剧回升,传感器就会向左近的接收器发送无线信号。这些热量自身就能够为传感器提供能量,所以无需更换电池。这项技术最要害的一点在于离子液体(ionic liquids)的熔融盐,温度的忽然变动会导致电子在液体内挪动,产生电能,从而触发电极发送信号。该团队将熔融盐打印在一般纸张上,就能制作出只需0.40美元的传感器。相干钻研于往年5月发表在美国化学会《利用资料与界面》(ACS Applied Materials & Interfaces)杂志上。 【动物界的社交隔离】 只管人类正在为社交间隔带来的不适感而挣扎,但龙虾、鸟类和某些灵长类动物常常利用这一策略来抵挡传染病。 在佛罗里达群岛的一个浅礁上,一只幼小的眼斑龙虾(Panulirus argus)在吃完一顿美味的软体动物晚餐后,回到了它狭隘的巢穴中。眼斑龙虾通常会分享它们的巢穴——岩石缝隙,今晚它的巢穴里曾经游入了一只新的龙虾。不过,这个新来者仿佛不对劲,它的尿液闻起来存在一些同样的化学物质。当眼斑龙虾感化了具备传染性的眼斑龙虾I型病毒(PaV1病毒)时,就会产生这些化学物质。这时衰弱的眼斑龙虾变得警惕起来,尽管很难再找到这样的洞穴,能爱护它免遭天敌的捕食,但这只幼小的眼斑龙虾还是抉择退出洞穴,进入宽阔水域中,远离了致命的病毒。 【疫情下的伽利略】 在新冠疫情之下,科学家要如何持续保持本人的钻研?历史上,伽利略在疫情期间的经验或者能给当初的科学家一些启发。 下载地址博客地址

September 22, 2020 · 1 min · jiezi

关于科学计算:环球科学2020年1月

“迷信美国人”独家受权中文版。洞察科技改革,分享寰球科学家智慧与卓越见解!电子杂志独家登载超清大图,大到天体小到细胞,巨清晰!全网最低价,迷信爱好者不可错过!前所未有的超长收费试读! 《环球迷信》是《迷信美国人》(Scientific American)独家受权中文版。《迷信美国人》是寰球科技媒体第一品牌,创刊于1845年,领有15个国内版本,迄今已有151位诺贝尔奖得主撰稿,为全世界超过500万读者提供无关科技的前瞻报道与深度解读。 作为独家受权的中文版,《环球迷信》因循了《迷信美国人》谨严、主观的报道格调,同时专一外乡话题报道,以多元化、国际化角度为迷信爱好者与社会精英阶层提供无关科技和商业的重要参考。 【工夫晶体:神奇新物态】 晶体是有序的物质态,由原子依照一直反复的构造排列而成。在物理学家看来,这些晶体具备“空间对称性的自发破缺”。工夫晶体是一个更加新鲜的概念,这种物态的构造会每隔肯定的工夫一直反复,其工夫对称性产生了自发破缺。 【焚烧的龙卷风】 火龙卷是一种相当常见而又非常危险的气象景象,它同时领有龙卷风一样的速度和正在焚烧的火焰。产生在美国雷丁市左近的卡尔火龙卷就造成了4人死亡。除了火自身,火龙卷的造成还须要大气中的旋转源。火能够把涡量集中到旋转的空气流中,使其“站”起来。 【塑料能缓解气象变暖?】 从某些角度来看,塑料也能够对环境无益,比方起到固碳作用。如果从2020年起,全世界能应用不能生物降解的生物基塑料,在随后30年里,被固化的碳可能会超过100亿吨,这会是一个良好的开始。因而,如何对待塑料,咱们还须要更加灵便的思考。 【富豪们为什么向往太空】 向来,富人都会因为本人乖僻的趣味而赞助迷信和艺术,具体形式也是形形色色的。当初的亿万富翁可能也面对同样的场景。 下载地址:360zyj.com

September 5, 2020 · 1 min · jiezi