关于后端:snpEFF和bedtools基因注释有何异同

大家好，我是邓飞，当初写博客越来越繁琐了，每个平台对图片都有本人的规定，不能通用，各种找不到图片，本着充值是我变强的准则，买了Markdown Nice的VIP（https://product.mdnice.com/），据说实现了一键公布多个平台，而且有本人的图库，明天先水一篇，试试成果。

星球上有老师问：snpEFF和bedtools都能够正文基因，他们有什么区别？

当我无奈立刻答复时，我都会说：“这是一个好问题”，而后就开始找答案或者总结答案，过后我的答复：

bedtools是针对多数的位点，snpEff是针对vcf的数据。bedtools个别是针对显著性的snp，去查找候选基因。snpEff是下机的vcf，定位snp是属于哪个地位，不会有上下游的设置

下面的答复根本解释了两者的差别，然而，因为要水一篇，所以要解释一下写篇博客！

这两款软件，官网上具体介绍都有：

bedtools：
https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/index.html

snpEFF：
http://pcingola.github.io/SnpEff/

简短的来说，bedtools能够解决基因型数据，各种简单的性能，匹配、删减、格局转换等，称为生信界的瑞士军刀。

snpEFF如同专一于基因正文。

vcftools须要gff文件和bed数据，才能够进行正文。

snpEFF，输出文件是vcf格局，另外，他须要基因组数据和gff创立数据库（通用的物种官网有现成的，然而举荐自定义构建，不容易出错。

snpEFF不能指定上下游区间，准确的给出位点在基因组上的区域（内含子、外显子、哪个基因等等）

bedtools，能够指定上下游区间，对于GWAS剖析失去的显著性位点，因为存在LD，所以更灵便，利用更多。

snpEFF，次要是下机数据，vcf数据，运算速度快，给出每个SNP的信息

bedtools，次要是须要设置上下游区间的位点，比方GWAS失去的显著性位点。

下面就是两者的区别，bedtools正文基因的写过好几篇博客了，下一篇介绍snpEFF正文vcf的教程。

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