罕用的linux命令
1. 命令逻辑
在liunx中简直所有命令以及软件运行的逻辑，都是
命令或者软件名结尾+具体运行参数+文件名
命令逻辑（格局）：
命令 + 参数 + 文件
options parameter filename例子1：tar -zxvf data.tar.gz例子2：bowtie -v 0 -x 参考基因组 -1 reads1 -2 reads2 -S 输入文件在例2中，bowtie为命令;-v,-x,-1,-2,-S都为参数；参考基因组，输入文件，reads1/2为文件2. 命令快捷键
pwd: print working directory 显示工作目录 cd: change directory 切换目录 ls: list information about the files 显示当前目录文件信息 . : 当前目录 ..: 下级目录 ~ ： 家目录 / : 根目录或者目录分隔符 Tab ：补全 Ctrl C : 终止工作 #遇到刷屏的时侯，很有用 Ctrl U : 剪切光标地位到行首的字符 Corl K : 剪切光标地位到行尾的字符 Ctrl L : 清屏 Ctrl E : 回到行尾 Ctrl A : 行首 Ctrl W : 剪切一个单词 Ctrl Y ： 粘贴 Ctrl Z : 暂停工作3. CD命令（切换文件夹）
cd ##切换到下层目录 相对路径 cd ../.. ##切换到上下层目录 相对路径cd / ##切换到根目录cd /bin ##切换到根目录下的bin，绝对路径cd ~ ##回到用户家目录cd ##同上cd - ##返回上一次的工作目录4.ls 显示当前目录文件信息
-a ##列出全副文件，包含暗藏文件-l ##列出目录详细信息-h ##将目录容量转换为人类易读形式 human-s ##以文件大小排序 size-t ##以工夫排序 time-R ##递归目录列出文件-d ##显示目录自身，而非目录下文件、我罕用：ls -ltAh每次输很麻烦，能够将这个命令写入到.bashrc文件中，当前每次输出lr就能够了，如下图。vim ~/.bashrc alias lr='ls -ltAh --color' ### 5.建设文件夹或者文件
创立文件夹：mkdir make a directorymkdir fileName创立文件：touch 摸出一个文件，空格间断创立多个文件夹touch 2 3 4 5 > 规范重定向符容许咱们创立一个 0KB 的空文件。vim fileName 6. 文件命名规定和形式
规定：不要用 / ，所有的字符都非法。空格符、制表符、特殊字符 @ $ & ( ) - 等，最好不要用。形式： 连字符距离 my_first_type 蛇形命名 myFirstName 个别用连字符距离更好一点，防止出错### 7.文件挪动删除复制命名
- 挪动 mv filename 门路- 重命名 mv file file2 - 复制 cp filename 门路- 删除 rm 文件名- 批量删除 rm -rf *共有文件名局部 - [-f] ## force 强制删除 - [-i] ## 在删除前揭示 - [-r] ## 删除文件夹 例如 rm -rf *fastq 删除所有以fastq结尾的文件。 8.创立软链接
- 相当于创立快捷方式- ln link 链接 - 软链接（罕用） - 硬链接（默认）- 常见参数：不加参数为硬链接 加 -s 软链接- ln -s 门路 (绝对路径)- ln -s 指标文件 指标门路9.文件夹和文件治理
- tar : tape archive 压缩或者解压文件 - -c ## 创立新的压缩文件 - -x ## 解压缩 - -f ## 输入后果到文件或设施 - -v ## 在解决文件时显示进度 - -j ## 输入bzip2 - -z ## 输入给gzip - 解压 （罕用） - tar -zxvf 压缩包名 - tar -zxvf *tar.gz (批量解压) - 压缩 （罕用） - tar -zcvf 压缩后的名称 待压缩文件名 10. 文件查看
- cat -A ## 列出所有内容 -n ## 打印出行号 -b ## 参数仅打印出非空白行号 cat >file [>重定向] 看到的输入的一个文件里 cat >>file 不笼罩原文件内容，增加内容到文件里 - zcat 查看压缩文件 - tac 逆向查看 - head 看头十行 -n ##参数看多少行- | 管道符 ## 前一个命令后果 输入到 上面命令- tail -n 100 ##看后100行,默认10行- more 主页查看 空格翻页，回车换行。- less - -N 显示行号 - -S 单行显示 - zless 查看压缩文件[[#^ua4qw9]] - q 退出 - 空格翻页 - enter 下一行 - 上下左右查看文本内容 罕用 less -ns 单行查看并且显示行号11. 文本查看 操作 统计
- wc 统计文本 words count - -l 统计行数 - -w 统计字符串数 - -c 统计字节数 - cat fileName | wc -l- cut #####文本切割 - -d ## 指定分隔符 默认 \t (制表符) - -f ## 输入哪几列 （字段fields) 5，1-3 - less -NS 文件名 | cut -f 数字（第几列） - less -S 文件 | cut -d 'F' 1 cat NPB_bwa_clean.out | cut -f 98,698 > NPB_bwa_clean_600line.bam- sort #####排序 - -n 依照数值从小到大排序 - -V 依照字符串中含有的数值进行排序 - -r 逆向排序 - -k 指定区域 - -t 指定分隔符- uniq :####去除反复行（只能去除相连的反复） - -c 统计每个字符串间断呈现的行数 - cat file1 | cut -f 3 | sort | uniq -c - paste #####文本合并（合并到文件的左边） - -d 指定分隔符 - -s 按行合并 - cat 文件1 文件2 > 文件3 用于文件拼接12. 文件字符编辑
- tr #### 字符替换 - -d 删除指定字符 - -s 缩减间断反复字符 - cat 文件名 | cut -f 4 | head | tr ' ' '\t'（把空格替换成tab键）- grep 文本搜寻工具，能够应用正则表达式匹配模式搜寻文本，并把匹配行打印进去 - -w word准确查找某个关键词 - -c 统计匹配胜利的行的数量 - -v 反向抉择，即输入没有没有匹配的行 - -n 显示匹配胜利的行所在的行号 - -r 从目录中查找pattern - -e 指定多个匹配模式 - -f 从指定文件中读取要匹配的pattern - -i 疏忽大小写正则表达式 是对字符串操作的一种逻辑公式，就是用当时定义好的一些特定字符，及这些特定字符的组合，组成一个 ”规定字符串”，这个“规定字符串”用来表白对字符串的一种过滤逻辑。 - ^ 行首 - $ 行尾 - . 换行符之外的任意单个字符 - ？匹配之前项0次或者一次 - + 匹配1次或者屡次 - * 匹配0次或者屡次 - {n} 匹配n次 - ｛n,｝匹配至多n次 - ｛m,n｝至多m,最多n - [] 匹配任意一个 - [^] 排除字符 - | 或者- cat fileName | grep '^A'- cat fileName | grep ')$'流编辑器 个别用来对文本进行增删改查（间接显示屏幕上）- sed -选项 ‘脚本’ 文件名 - -n 禁止显示所有输出内容，只显示通过sed解决的行 - -e 间接在命令模式下进行sed的动作编辑，接要执行的1或多个命令 - -i 间接批改读取的文件内容，不输入 - script 脚本 - 2 取第二行 - 2,4 取第二行到第四行 - 2，$ 取第二行到最初一行 - 2~3 从第二行开始，每隔三行取一行 - 2，+4 取第二行到2+4行 - /pattern/ 匹配上 pattern 的行 - [!]示意否定 - a: append 在指定行**后**增加一行内容为 a 前面接的字串 - i: insert 在指定行**前**减少一行 ,内容为 i 前面接的子串 - -d: delete 删除某一行或者某几行，也可指定删除匹配上的行 - c: change 扭转指定行的内容 - s 替换 应用格局为 ’s/pattern(要替换的字符)/new（字符）[flags]' 把pattern替换成new，默认只替换一个，能够指定flag替换多少 - y 转换 实现字符一对一转换 格局 ‘y/inchars/outchars/' - p: print 把匹配或者批改的行打印进去，通常与-n联用- sed提取某一行sed -n '1,10p' > a.txt- 统计特定字符串呈现的次数grep -o targetStr 文件名 | wc -l grep -o targetStr_1\|targetStr_2\|targetStr_3…… 文件名 | wc -lawk -v RS="@#$j" '{print gsub(/N/,"&")}' 文件名本文由mdnice多平台公布