参考资料
[1] PBS命令和应用
1、PBS命令
PBS提供4条命令用于作业管理。
(1) qsub 命令—用于提交作业脚本 命令格局
qsub [-a date_time] [-c interval] [-C directive_prefix] [-e path] [-I] [-j join] [-k keep] [-l resource_list] [-m mail_options] [-M user_list][-N name] [-o path] [-p priority] [-q destination] [-r c] [-S path_list] [-u user_list][-v variable_list] [-V] [-W additional_attributes] [-z][script]-a date_time ： date_time格局为：[[[[CC]YY]MM]DD]hhmm[.SS] 示意通过date_time工夫后作业才能够运行。-c interval ： 定义作业的检查点距离，如果机器不反对检查点，则疏忽此选项。-C directive_prefix ：在脚本文件中以directive_prefix结尾的行解释为qsub的命令选项。（若无此选项，则默认为’#PBS’ ）-e path ：将规范错误信息重定向到path-I ：以交互方式运行-j join ：将规范输入信息与规范错误信息合并到一个文件join中去。-k keep ：定义在执行结点上保留规范输入和规范错误信息中的哪个文件。 keep为o 示意保留前者，e示意后者，oe或eo示意二者都保留，n示意皆不保留。若疏忽此选项，二者都不保留。-l resource_list ： 定义资源列表。以下为几个罕用的资源品种。
cput=N ： 申请N秒的CPU工夫; N也能够是hh:mm:ss的模式。 mem=N[K|M|G][B|W]：申请N {kilo|mega|giga}{bytes|words} 大小的内存。 nodes=N:ppn=M ：申请N个结点，每个结点M个处理器。-m mail_options ：mail_option为a：作业abort时给用户发信；为b：作业开始运行发信；为e：作业完结运行时发信。若无此选项，默认为a。-M user_list ： 定义无关此作业的mail发给哪些用户。-N name ： 作业名，限15个字符，首字符为字母，无空格。-o path ： 重定向规范输入到path。-p priority ： 工作优先级，整数，[-1024，1023]，若无定义则为0.-q destination ： destination有三种模式： queue , @server,queue@server。-r y|n ： 指明作业是否可运行，y为可运行，n为不可运行。-S shell ： 指明执行运行脚本所用的shell，须蕴含全门路。-u user_list ： 定义作业将在运行结点上以哪个用户名来运行。-v variable_list ： 定义export到本作业的环境变量的扩大列表。-V ： 表明qsub命令的所有环境变量都export到此作业。-W additional_attributes ： 作业的其它属性。-z ： 指明qsub命令提交作业后，不在终端显示作业号。pbsnodes -av -F json >> pbsnodes.txt #查看所有节点状态，包含节点上运行的作业# state = free 闲暇# resources_available.ncpus = 2 总CPU核数# resources_assigned.ncpus = 0 已应用核数# resources_available.mem = 4gb 总内存# resources_assigned.mem = 0kb 可用内存# resources_available.ngpus = 2 总GPU核数# resources_assigned.ngpus = 0 已应用GPU核数# jobs = 267.anton-test1/0, 268.anton-test1/1 运行的作业列表# queue = workq 所属队列qstat -f -F json >> qstat.txt#查看所有作业数和排队的作业数#job_state = R 正在运行的作业 =Q 排队的作业#作业排队的程序就是列表输入的程序参数阐明：因为所采纳的选项个别放在pbs脚本中提交，所以具体见PBS脚本选项。例：# qsub aaa.pbs 提交某作业，零碎将产生一个作业号3、PBS环境下运行示例
(1) 脚本文件编辑示例
实例1：运行mpi程序 命令行：#vi aaa.pbs
编辑的内容：
#PBS -N myjob #PBS -o /home/jz/my.out 规范输入文件 #PBS -e /home/jz/my.err谬误输入文件 #PBS –l nodes=2:ppn=2 规定应用的节点数以及每个节点能跑多少核 cd 目录（你们原来间接在节点上运行时所在的目录） mpirun –np 4 –hostfile $PBS_NODEFILE /home/jz/helloworld 解释：原先大家都是在中断输出 mpirun_rsh…..这些命令执行程序的，当初只有把这些提交命令放在.pbs配置文件的最初，由PBS来调度执行 （主动调配节点和其它资源）。Myjob是为你此次要运行的程序起的工作名，能够改成你本人想要的名字原先输入信息都是间接在屏幕上显示的，当初屏幕上的 显示全副输入到文件中，上例中输入文件是/home/jz/my.out文件，大家能够依据本人的须要批改（目录，文件名）。程序运行时遇到的一些谬误会 记录在.err文件中。益处:因为对每个工作都设定了不同的输入文件，所以看后果只有关上相应文件看就能够了，不须要开多个终端，外面有工作的详细信息， 比方理论调配的是哪些节点计算，运行工夫等。#PBS –l nodes=2:ppn=2，你们程序须要几个节点只有批改nodes后的数字就能够了，ppn=2放弃不变，因为咱们的机器每个节点都是双cpu的。mpirun –np 4 –hostfile $PBS_NODEFILE /home/jz/helloworld 此例中-np后的4是并行数（2×2＝4个cpu），–hostfile $PBS_NODEFILE不须要扭转。/home/jz/helloworld是你编译好的可执行文件名，需批改。 对于每个你要运行的mpi程序都须要这样一个.pbs配置文件 也就是说大家原来的操作是：mpirun………… 当初改成2步走：1）写个pbs配置文件(比方xxx.pbs)；2）向pbs提交（qsub xxx.pbs）实例2：运行非mpi程序 有些用户并不是本人编写mpi程序，同样也能够用pbs提交。
比方物理系运行程序时个别输出的命令是 RunDMol3.sh TiFeCp2-pbe-dspp-m=1-opt ，那么配置文件能够这样写：
命令行：#vi job.pbs 编辑的内容：
#PBS -N physics_job#PBS -o /home/physics/physics_job.out#PBS -e /home/physics/physics_job.err#PBS -l nodes=1:ppn=2#PBS -r ycd 目录（你们原来间接在节点上运行时所在的目录）RunDMol3.sh TiFeCp2-pbe-dspp-m=1-opt解释：也就是说把原来在终端间接输出的命令RunDMol3.sh TiFeCp2-pbe-dspp-m=1-opt放到pbs配置文件中，因为你们只有一个节点，所以nodes=1，至于用哪个节点零碎主动调配，你们 必定很关怀是调配了哪个节点给你们，那么能够用qstat命令查问（比方qstat -n）。(2) 提交作业示例
命令行：#qsub aaa.pbs
作业提交后会有一个作业号
[test1@master pbstest]$ qsub pbsjob48.master (3) 作业状态查问示例
qstat 后加不同参数能够查看不同的信息（各参数的意思，下面有具体的阐明，你们能够一个个试验一下，当前就晓得查看哪些信息，须要哪些参数） 实例：命令行：#qstat –a （查看作业的状态） 解释：Job id 是给你提交的任务分配的工作号，S（工作状态，R示意正在运行，Q示意正在排队等待调度）命令行：#qstat –n （查看作业应用的节点）命令行：#qstat –f 211 （查看无关作业运行具体信息）删除作业：qdel 作业号 [test1@master pbstest]$ qdel 48