Mars 是一个并行和分布式 Python 框架,能轻松把单机大家耳熟能详的的 numpy、pandas、scikit-learn 等库,以及 Python 函数利用多核或者多机减速。这其中,并行和分布式 Python 函数次要利用 Mars Remote API。

启动 Mars 分布式环境能够参考:

  1. 命令行形式在集群中部署。
  2. Kubernetes 中部署。
  3. MaxCompute 开箱即用的环境,购买了 MaxCompute 服务的能够间接应用。

如何应用 Mars Remote API

应用 Mars Remote API 非常简单,只须要对原有的代码做少许改变,就能够分布式执行。

拿用蒙特卡洛办法计算 为例。代码如下,咱们编写了两个函数,calc_chunk 用来计算每个分片内落在圆内的点的个数,calc_pi 用来把多个分片 calc_chunk 计算的后果汇总最初得出 值。

from typing import Listimport numpy as npdef calc_chunk(n: int, i: int):    _# 计算n个随机点(x和y轴落在-1到1之间)到原点间隔小于1的点的个数_    rs = np.random.RandomState(i)    a = rs.uniform(-1, 1, size=(n, 2))    d = np.linalg.norm(a, axis=1)    return (d < 1).sum()def calc_pi(fs: List[int], N: int):    _# 将若干次 calc_chunk 计算的后果汇总,计算 pi 的值_    return sum(fs) * 4 / NN = 200_000_000n = 10_000_000fs = [calc_chunk(n, i)      for i in range(N // n)]pi = calc_pi(fs, N)print(pi)

%%time 下能够看到后果:

3.1416312CPU times: user 9.47 s, sys: 2.62 s, total: 12.1 sWall time: 12.3 s

在单机须要 12.3 s。

要让这个计算应用 Mars Remote API 并行起来,咱们不须要对函数做任何改变,须要变动的仅仅是最初局部。

import mars.remote as mr_# 函数调用改成 mars.remote.spawn_fs = [mr.spawn(calc_chunk, args=(n, i))      for i in range(N // n)]_# 把 spawn 的列表传入作为参数,再 spawn 新的函数_pi = mr.spawn(calc_pi, args=(fs, N))_# 通过 execute() 触发执行,fetch() 获取后果_print(pi.execute().fetch())

%%time 下看到后果:

3.1416312CPU times: user 29.6 ms, sys: 4.23 ms, total: 33.8 msWall time: 2.85 s

后果截然不同,然而却有数倍的性能晋升。

能够看到,对已有的 Python 代码,Mars remote API 简直不须要做多少改变,就能无效并行和分布式来减速执行过程。

一个例子

为了让读者了解 Mars Remote API 的作用,咱们从另一个例子开始。当初咱们有一个数据集,咱们心愿对它们做一个分类工作。要做分类,咱们有很多算法和库能够抉择,这里咱们用 RandomForest、LogisticRegression,以及 XGBoost。

艰难的中央是,除了有多个模型抉择,这些模型也会蕴含多个超参,那哪个超参成果最好呢?对于调参不那么有教训的同学,跑过了才晓得。所以,咱们心愿能生成一堆可选的超参,而后把他们都跑一遍,看看成果。

筹备数据

这个例子里咱们应用 otto 数据集。

首先,咱们筹备数据。读取数据后,咱们按 2:1 的比例把数据分成训练集和测试集。

import pandas as pdfrom sklearn.preprocessing import LabelEncoderfrom sklearn.model_selection import train_test_splitdef gen_data():    df = pd.read_csv('otto/train.csv')        X = df.drop(['target', 'id'], axis=1)    y = df['target']        label_encoder = LabelEncoder()    label_encoder.fit(y)    y = label_encoder.transform(y)        return train_test_split(X, y, test_size=0.33, random_state=123)X_train, X_test, y_train, y_test = gen_data()

模型

接着,咱们应用 scikit-learn 的 RandomForest 和 LogisticRegression 来解决分类。

RandomForest:

from sklearn.ensemble import RandomForestClassifierdef random_forest(X_train: pd.DataFrame,                   y_train: pd.Series,                   verbose: bool = False,                  **kw):    model = RandomForestClassifier(verbose=verbose, **kw)    model.fit(X_train, y_train)    return model

接着,咱们生成供 RandomForest 应用的超参,咱们用 yield 的形式来迭代返回。

def gen_random_forest_parameters():    for n_estimators in [50, 100, 600]:        for max_depth in [None, 3, 15]:            for criterion in ['gini', 'entropy']:                yield {                    'n_estimators': n_estimators,                    'max_depth': max_depth,                    'criterion': criterion                }

LogisticRegression 也是这个过程。咱们先定义模型。

from sklearn.linear_model import LogisticRegressiondef logistic_regression(X_train: pd.DataFrame,                        y_train: pd.Series,                        verbose: bool = False,                        **kw):    model = LogisticRegression(verbose=verbose, **kw)    model.fit(X_train, y_train)    return model

接着生成供 LogisticRegression 应用的超参。

def gen_lr_parameters():    for penalty in ['l2', 'none']:        for tol in [0.1, 0.01, 1e-4]:            yield {                'penalty': penalty,                'tol': tol            }

XGBoost 也是一样,咱们用 XGBClassifier 来执行分类工作。

from xgboost import XGBClassifierdef xgb(X_train: pd.DataFrame,        y_train: pd.Series,        verbose: bool = False,        **kw):    model = XGBClassifier(verbosity=int(verbose), **kw)    model.fit(X_train, y_train)    return model

生成一系列超参。

def gen_xgb_parameters():    for n_estimators in [100, 600]:        for criterion in ['gini', 'entropy']:            for learning_rate in [0.001, 0.1, 0.5]:                yield {                    'n_estimators': n_estimators,                    'criterion': criterion,                    'learning_rate': learning_rate                }

验证

接着咱们编写验证逻辑,这里咱们应用 log_loss 来作为评估函数。

from sklearn.metrics import log_lossdef metric_model(model,                  X_test: pd.DataFrame,                 y_test: pd.Series) -> float:    if isinstance(model, bytes):        model = pickle.loads(model)    y_pred = model.predict_proba(X_test)    return log_loss(y_test, y_pred)def train_and_metric(train_func,                     train_params: dict,                     X_train: pd.DataFrame,                      y_train: pd.Series,                      X_test: pd.DataFrame,                      y_test: pd.Series,                     verbose: bool = False                     ):    _# 把训练和验证封装到一起_    model = train_func(X_train, y_train, verbose=verbose, **train_params)    metric = metric_model(model, X_test, y_test)    return model, metric

找出最好的模型

做好筹备工作后,咱们就开始来跑模型了。针对每个模型,咱们把每次生成的超参们送进去训练,除了这些超参,咱们还把 n_jobs 设成 -1,这样能更好利用单机的多核。

results = []_# -------------__# Random Forest__# -------------_for params in gen_random_forest_parameters():    print(f'calculating on {params}')    _# fixed random_state_    params['random_state'] = 123    _# use all CPU cores_    params['n_jobs'] = -1    model, metric = train_and_metric(random_forest, params,                                     X_train, y_train,                                     X_test, y_test)    print(f'metric: {metric}')    results.append({'model': model,                     'metric': metric})    _# -------------------__# Logistic Regression__# -------------------_for params in gen_lr_parameters():    print(f'calculating on {params}')    _# fixed random_state_    params['random_state'] = 123    _# use all CPU cores_    params['n_jobs'] = -1    model, metric = train_and_metric(logistic_regression, params,                                     X_train, y_train,                                     X_test, y_test)    print(f'metric: {metric}')    results.append({'model': model,                     'metric': metric})    _# -------__# XGBoost__# -------_    for params in gen_xgb_parameters():    print(f'calculating on {params}')    _# fixed random_state_    params['random_state'] = 123    _# use all CPU cores_    params['n_jobs'] = -1    model, metric = train_and_metric(xgb, params,                                     X_train, y_train,                                     X_test, y_test)    print(f'metric: {metric}')    results.append({'model': model,                     'metric': metric})

运行一下,须要相当长时间,咱们省略掉一部分输入内容。

calculating on {'n_estimators': 50, 'max_depth': None, 'criterion': 'gini'}metric: 0.6964123781828575calculating on {'n_estimators': 50, 'max_depth': None, 'criterion': 'entropy'}metric: 0.6912312790832288_# 省略其余模型的输入后果_CPU times: user 3h 41min 53s, sys: 2min 34s, total: 3h 44min 28sWall time: 31min 44s

从 CPU 工夫和 Wall 工夫,能看进去这些训练还是充分利用了多核的性能。但整个过程还是破费了 31 分钟。

应用 Remote API 分布式减速

当初咱们尝试应用 Remote API 通过分布式形式减速整个过程。

集群方面,咱们应用最开始说的第三种形式,间接在 MaxCompute 上拉起一个集群。大家能够抉择其余形式,成果是一样的。

n_cores = 8mem = 2 * n_cores  _# 16G__# o 是 MaxCompute 入口,这里创立 10 个 worker 的集群,每个 worker 8核16G_cluster = o.create_mars_cluster(10, n_cores, mem, image='extended')

为了不便在分布式读取数据,咱们对数据处理稍作改变,把数据上传到 MaxCompute 资源。对于其余环境,用户能够思考 HDFS、Aliyun OSS 或者 Amazon S3 等存储。

if not o.exist_resource('otto_train.csv'):    with open('otto/train.csv') as f:        _# 上传资源_        o.create_resource('otto_train.csv', 'file', fileobj=f)        def gen_data():    _# 改成从资源读取_    df = pd.read_csv(o.open_resource('otto_train.csv'))        X = df.drop(['target', 'id'], axis=1)    y = df['target']        label_encoder = LabelEncoder()    label_encoder.fit(y)    y = label_encoder.transform(y)        return train_test_split(X, y, test_size=0.33, random_state=123)

稍作改变之后,咱们应用 mars.remote.spawn 办法来让 gen_data 调度到集群上运行。

import mars.remote as mr_# n_output 阐明是 4 输入__# execute() 执行后,数据会读取到 Mars 集群外部_data = mr.ExecutableTuple(mr.spawn(gen_data, n_output=4)).execute()_# remote_ 结尾的都是 Mars 对象,这时候数据在集群内,这些对象只是援用_remote_X_train, remote_X_test, remote_y_train, remote_y_test = data

目前 Mars 能正确序列化 numpy ndarray、pandas DataFrame 等,还不能序列化模型,所以,咱们要对 train_and_metric 稍作改变,把模型 pickle 了之后再返回。

def distributed_train_and_metric(train_func,                                 train_params: dict,                                 X_train: pd.DataFrame,                                  y_train: pd.Series,                                  X_test: pd.DataFrame,                                  y_test: pd.Series,                                 verbose: bool = False                                 ):    model, metric = train_and_metric(train_func, train_params,                                     X_train, y_train,                                      X_test, y_test, verbose=verbose)    return pickle.dumps(model), metric

后续 Mars 反对了序列化模型后能够间接 spawn 本来的函数。

接着咱们就对后面的执行过程稍作改变,把函数调用全副都用 mars.remote.spawn 来改写。

import numpy as nptasks = []models = []metrics = []_# -------------__# Random Forest__# -------------_for params in gen_random_forest_parameters():    _# fixed random_state_    params['random_state'] = 123    task = mr.spawn(distributed_train_and_metric,        args=(random_forest, params,              remote_X_train, remote_y_train,              remote_X_test, remote_y_test),         kwargs={'verbose': 2},        n_output=2    )    tasks.extend(task)    _# 把模型和评估别离存储_    models.append(task[0])    metrics.append(task[1])        _# -------------------__# Logistic Regression__# -------------------_for params in gen_lr_parameters():    _# fixed random_state_    params['random_state'] = 123    task = mr.spawn(distributed_train_and_metric,        args=(logistic_regression, params,              remote_X_train, remote_y_train,              remote_X_test, remote_y_test),         kwargs={'verbose': 2},        n_output=2    )    tasks.extend(task)    _# 把模型和评估别离存储_    models.append(task[0])    metrics.append(task[1])_# -------__# XGBoost__# -------_    for params in gen_xgb_parameters():    _# fixed random_state_    params['random_state'] = 123    _# 再指定并发为核的个数_    params['n_jobs'] = n_cores    task = mr.spawn(distributed_train_and_metric,        args=(xgb, params,              remote_X_train, remote_y_train,              remote_X_test, remote_y_test),         kwargs={'verbose': 2},        n_output=2    )    tasks.extend(task)    _# 把模型和评估别离存储_    models.append(task[0])    metrics.append(task[1])_# 把程序打乱,目标是能扩散到 worker 上均匀一点_shuffled_tasks = np.random.permutation(tasks)_ = mr.ExecutableTuple(shuffled_tasks).execute()

能够看到代码简直统一。

运行查看后果:

CPU times: user 69.1 ms, sys: 10.9 ms, total: 80 msWall time: 1min 59s

工夫一下子从 31 分钟多来到了 2 分钟,晋升 15x+。但代码批改的代价能够忽略不计。

仔细的读者可能留神到了,分布式运行的代码中,咱们把模型的 verbose 给关上了,在分布式环境下,因为这些函数近程执行,打印的内容只会输入到 worker 的规范输入流,咱们在客户端不会看到打印的后果,但 Mars 提供了一个十分有用的接口来让咱们查看每个模型运行时的输入。

以第0个模型为例,咱们能够在 Mars 对象上间接调用 fetch_log 办法。

print(models[0].fetch_log())

输入咱们简略一部分。

building tree 1 of 50building tree 2 of 50building tree 3 of 50building tree 4 of 50building tree 5 of 50building tree 6 of 50_# 两头省略_building tree 49 of 50building tree 50 of 50

要看哪个模型都能够通过这种形式。试想下,如果没有 fetch_log API,你确想看两头过程的输入有多麻烦。首先这个函数在哪个 worker 上执行,不得而知;而后,即使晓得是哪个 worker,因为每个 worker 上可能有多个函数执行,这些输入就可能混淆在一起,甚至被宏大日志吞没了。fetch_log 接口让用户不须要关怀在哪个 worker 上执行,也不必放心日志混合在一起。

想要理解 fetch_log 接口,能够查看 文档。

还有更多

Mars Remote API 的能力其实不止这些,举个例子,在 remote 外部能够 spawn 新的函数;也能够调用 Mars tensor、DataFrame 或者 learn 的算法。这些内容,读者们能够后行摸索,后续咱们再写别的文章介绍。

总结

Mars Remote API 通过并行和分布式 Python 函数,用很小的批改代价,极大晋升了执行效率。

原文链接
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