分子对接与 Uni-Dock
分子对接（Docking） 办法在药物晚期设计阶段的虚构筛选中具备重要利用，然而随着化学分子库的急速增长，传统的分子对接曾经难以在正当老本下解决千万级、亿级数据库的虚构筛选工作 [1]。
2023 年 6 月 13 日，Uni-Dock: GPU-Accelerated Docking Enables Ultralarge Virtual Screening [2] 作为封面文章在 Journal of Chemical Theory and Computation 上公布。
Uni-Dock 通过充分利用 GPU 并行计算性能和显存空间，联合粗疏的流程设计调优，在放弃计算精度的前提下，在 NVIDIA V100 GPU 上实现了比照 AutoDock Vina 单核计算超 1600 倍的减速比率，是其余 GPU 减速的分子对接引擎的 10 倍以上，以 0.1s/ligand 的分子对接效率，仅破费不到 12 小时就能实现超 3820 万分子数据库的虚构筛选工作。更多钻研细节，可查看《JCTC 封面文章|深势科技 Uni-Dock：反对极大规模数据库虚构筛选的高性能对接引擎》。
针对使用者需要，Uni-Dock 提供了多种便捷应用形式，在遵循应用协定的前提下，学术用户能够从深势科技 GitHub 仓库（https://github.com/dptech-corp/Uni-Dock）收费获取 Uni-Dock 的最新发行版，应用极致减速的 Uni-Dock 高效推动科研过程。在本期中，咱们将向大家介绍另外两种更加便捷的应用形式：Notebook 与 Uni-Dock APP。
Uni-Dock 教程
咱们带来了专为初学者设计的 Uni-Dock 上手 Notebook。 追随其中，一步一步地应用 Uni-Dock 实现从批量提交筛选工作到后果回收剖析的一系列工作，从虚构筛选工作开始逐渐把握这一弱小的高性能计算工具。
当初就点击查看吧：https://nb.bohrium.dp.tech/detail/1288?utm_source=segmentfault
Uni-Dock APP
如果您已理解 Uni-Dock 的应用办法，想用 Uni-Dock 实现一个虚构筛选工作，但手头没有 GPU 机器，也能够便捷地通过 Uni-Dock App 提交虚构筛选作业。
简略四个步骤提交工作，疾速实现虚构筛选并返回后果：
- IO Options：配置输出文件
- Job Options：设置变量
- System Options：配置零碎级参数
- Review：所有配置参数的摘要
感兴趣的童鞋能够查看原文，并退出 Uni-Dock 交换群~