乐趣区

关于数据挖掘:如何在生存分析与Cox回归中计算IDINRI指标附代码数据

jiezi

原文链接：http://tecdat.cn/?p=6095

最近咱们被客户要求撰写对于 Cox 回归的钻研报告，包含一些图形和统计输入。

本文演示了如何在生存剖析与 Cox 回归中计算 IDI，NRI 指标

读取样本数据

 D=D[!is.na(apply(D,1,mean)),] ; dim(D)
## [1] 416   7

查问局部数据（后果和预测因子）

head(D)
##   time status      age albumin edema protime bili
## 1  400      1 58.76523    2.60   1.0    12.2 14.5
## 2 4500      0 56.44627    4.14   0.0    10.6  1.1
## 3 1012      1 70.07255    3.48   0.5    12.0  1.4
## 4 1925      1 54.74059    2.54   0.5    10.3  1.8
## 5 1504      0 38.10541    3.53   0.0    10.9  3.4
## 6 2503      1 66.25873    3.98   0.0    11.0  0.8

模型 0 和模型 1 的后果数据和预测变量集

outcome=D[,c(1,2)]
covs1<-as.matrix(D[,c(-1,-2)])
covs0<-as.matrix(D[,c(-1,-2, -7)])

head(outcome)
##   time status
## 1  400      1
## 2 4500      0
## 3 1012      1
## 4 1925      1
## 5 1504      0
## 6 2503      1
``````
head(covs0)
##        age albumin edema protime
## 1 58.76523    2.60   1.0    12.2
## 2 56.44627    4.14   0.0    10.6
## 3 70.07255    3.48   0.5    12.0
## 4 54.74059    2.54   0.5    10.3
## 5 38.10541    3.53   0.0    10.9
## 6 66.25873    3.98   0.0    11.0
``````
head(covs1)
##        age albumin edema protime bili
## 1 58.76523    2.60   1.0    12.2 14.5
## 2 56.44627    4.14   0.0    10.6  1.1
## 3 70.07255    3.48   0.5    12.0  1.4
## 4 54.74059    2.54   0.5    10.3  1.8
## 5 38.10541    3.53   0.0    10.9  3.4
## 6 66.25873    3.98   0.0    11.0  0.8

点击题目查阅往期内容

R 语言生存剖析数据分析可视化案例

左右滑动查看更多

01

02

03

04

推理  

<span style="color:#333333"><span style="color:#333333"><code><span style="color:#000000">t0</span><span style="color:#687687">=</span><span style="color:#009999">365</span><span style="color:#687687">*</span><span style="color:#009999">5</span>
<span style="color:#000000">x</span><span style="color:#687687"><-</span><span style="color:#000000">IDI </span><span style="color:#687687">(</span><span style="color:#000000">outcome</span>, <span style="color:#000000">covs0</span>, <span style="color:#000000">covs1</span>, <span style="color:#000000">t0</span>, <span style="color:#000000">npert</span><span style="color:#687687">=</span><span style="color:#009999">200</span><span style="color:#687687">)</span> ;</code></span></span>

输入 

##     Est. Lower Upper p-value
## M1 0.090 0.052 0.119       0
## M2 0.457 0.340 0.566       0
## M3 0.041 0.025 0.062       0

M1 示意 IDI

M2 示意 NRI

M3 示意中位数差别

图形演示

本文摘选 《 R 语言如何在生存剖析与 Cox 回归中计算 IDI，NRI 指标 》，点击“ 浏览原文”获取全文残缺材料。

点击题目查阅往期内容

R 语言中的生存剖析 Survival analysis 早期肺癌患者 4 例
R 语言应用限度均匀生存工夫 RMST 比拟两条生存曲线剖析肝硬化患者
R 语言生存剖析: 时变竞争危险模型剖析淋巴瘤患者
R 语言生存剖析可视化剖析
R 语言中生存分析模型的工夫依赖性 ROC 曲线可视化
R 语言生存剖析数据分析可视化案例
R 语言 ggsurvplot 绘制生存曲线报错 : object of type‘symbol‘is not subsettab
R 语言如何在生存剖析与 Cox 回归中计算 IDI，NRI 指标
R 语言绘制生存曲线预计 | 生存剖析 | 如何 R 作生存曲线图
R 语言解释生存剖析中危险率和危险率的变动
R 语言中的生存剖析 Survival analysis 早期肺癌患者 4 例

退出移动版