本文次要介绍药物研发算法科技公司深势科技是如何实现低成本在阿里云上构建分子模仿 MDaaS(Molecular Dynamics as a Service)超算集群。
客户简介
公司名称:深势科技
公司网址:http://dptech.deepmd.net/
公司介绍:
深势科技是一家成立于 2018 年的药物研发算法科技公司,致力于使用新一代分子模仿 MDaaS(Molecular Dynamics as a Service)技术解决药物研发难题,实现药物分子的感性发现和设计。
企业的次要产品 Hermite 药物研发套件,旨在帮忙用户在第一性原理精度力场根底上,实现高通量药物筛选与优化;DP-Cloudserver 软件,旨在帮忙用户更便捷创立基于深度学习的原子间势能和力场模型和运行分子动力学模型,无效解决分子模仿中的准确性和效率性难以兼顾的问题。
公司由中科院院士领衔,外围团队来自北京大学、普林斯顿大学、上海药物研究所等高校和科研机构,在机器学习、第一性原理建模、RiD 高效采样、生成算法、力场开发等方面有着深厚的技术积攒,在小分子药物设计和大分子药物设计畛域有着丰盛的我的项目教训。
公司已在力场开发、小分子药物筛选与优化、药物 ADMET 性质预测、联合自在能微扰、多肽药物设计等畛域提出更加高效和精确的解决方案,并与诸多来自学界和工业界的客户发展单干。目前曾经取得来自出名投资机构的近 2000 万元天使投资。
业务痛点
深势科技的业务量稳定较大,心愿能够提供基于作业负载的弹性伸缩能力,最大化利用计算资源;
深势科技能够无效调度集群的计算资源,心愿提供跨可用区的多规格实例弹性扩容,并且反对不同实例规格应用不同的镜像;
集群的作业量很大,所以深势科技心愿能够提供作业粒度的费用账单便于计费;
深势科技作为一家初创企业,谋求高性价比,以较低成本实现无效计算。
为什么抉择阿里云?
次要是当先的产品与灵便的售卖模式。
阿里云是国内少有提供云上弹性高性能计算平台(EHPC)的云厂商,阿里云 EHPC 集群的主动伸缩性能,超过传统超算的“动态”资源分配,用户可依据负载实现按需扩容缩容。通过用户自定义设置,无效晋升作业的吞吐量,放慢作业处理速度,极大晋升集群的利用率。
植根于阿里云主动运维与可视化管控技术,E-HPC 提供集群治理、作业管理、用户治理和可视化等性能,帮忙用户轻松应用云上 HPC 集群。阿里云后盾实现对集群的被动运维、热降级与迁徙,让 HPC 客户专一于利用与科研自身,无需费时费力于集群治理与运维,更加便捷地应用超算带来的便当。
同时基于费用核心的账单,EHPC 提供开源计费工具,反对作业粒度的费用统计,高效解决计费需要。同时阿里云的抢占式实例提供了低成本的算力资源,价格最低达到按量付费的一折。
解决方案
计划细节:
深势科技通过阿里云弹性高性能计算的平台,调度上层多种算力资源。在抉择算力资源时,深势科技多选用了具备低成本劣势的抢占式实例,同时通过阿里云弹性供给解决方案,深势科技能够一次性获取所需的算力资源,无需关注底层实例。
因为客户需要多跟着我的项目周期走,深势科技的业务有不稳固的周期性,阿里云弹性高性能计算平台(EHPC)的主动伸缩性能,利用云上的弹性,依据作业负载主动治理计算资源,深势科技不须要自行治理资源规模,有助于深势科技升高运维老本。
深势科技须要计算每个用户、作业所用资源费用,帮忙统计老本;阿里云 EHPC 的作业详情导出性能,能够查看每个作业的资源使用量。同时开发费用统计工具,联合费用核心账单能够统计每个作业的计算费用。
阿里云弹性供给组是一个应用抢占式实例和按量付费实例疾速部署实例集群的计划,反对一键部署跨计费形式、跨可用区、跨实例规格族的实例集群,能够稳固提供计算力,在享受缓解抢占式实例的回收机制带来的不稳固因素,免去反复手动创立实例的繁琐操作。
因而,应用弹性供给的老本最优策略来调度抢占式实例资源,指定多个可用区和实例规格,确保以最优价格实现 spot+ 按量计算资源的交付。按秒计费,价格最低至 1 折。
客户效益
1、满足了客户低成本构建高可用算力集群的需要:30% 老本实现海量算力交付:深势科技利用弹性供给的老本优化策略,联合 spot 实例的价格巡检,以 30% 的老本实现日均 3w+ vCPU 资源的交付。
2、EHPC 主动运维的易用个性,升高了深势科技的运维老本,晋升了集群管理效率。
客户证言
分子模仿为咱们提供了意识世界的重要工具,而具体实现这一过程一方面须要优质的算法,另一方面须要海量的计算资源。深势科技采纳的“AI+ 物理建模 +HPC”的研发范式,在算法层面获得了重大突破;而在资源层面,咱们要感激阿里云的弹性高性能计算服务在较低成本的根底上提供了海量的计算资源。接下来,深势科技会与阿里云进一步严密单干,将“AI+ 物理建模 +HPC+ 云计算”的 MDaaS 模式推及更多有需要的敌人们。——深势科技 CEO 孙伟杰
选用产品
弹性高性能计算 E -HPC
弹性高性能计算(E-HPC)基于阿里云基础设施,为用户提供一站式公共云 HPC/AI 平台服务,面向科研,生产,教育和行业大计算,提供快捷,弹性,平安和与阿里云产品互通的云超算平台。
更多对于弹性高性能计算 E -HPC 的介绍,请参见弹性高性能计算 E -HPC 产品详情页。
云服务器 ECS
云服务器(Elastic Compute Service,简称 ECS)是阿里云提供的性能卓越、稳固牢靠、弹性扩大的 IaaS(Infrastructure as a Service)级别云计算服务。云服务器 ECS 免去了您洽购 IT 硬件的后期筹备,让您像应用水、电、天然气等公共资源一样便捷、高效地应用服务器,实现计算资源的即开即用和弹性伸缩。阿里云 ECS 继续提供创新型服务器,解决多种业务需要,助力您的业务倒退。
更多对于云服务器 ECS 的介绍,参见云服务器 ECS 产品详情页。
抢占式实例
抢占式实例是云服务器 ECS 一种非凡的实例,绝对于按量付费实例价格有肯定的折扣,其价格以小时为周期依据供需状况不同而变动,最低可至按量付费的一折,旨在为用户升高局部场景下应用 ECS 实例的老本。
更多对于抢占式实例的介绍,参见抢占式实例文档页。
GPU 云服务器
提供 GPU 算力的弹性计算服务,具备超强的计算能力,服务于深度学习、科学计算、图形可视化、视频解决多种利用场景。阿里云作为亚洲第一的云服务提供商,随时为您提供触手可得的算力,无效缓解计算压力,晋升您的业务效率,助您进步企业竞争力。
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