大家好，我是邓飞，当初写博客越来越繁琐了，每个平台对图片都有本人的规定，不能通用，各种找不到图片，本着充值是我变强的准则，买了 Markdown Nice 的 VIP（https://product.mdnice.com/），据说实现了一键公布多个平台，而且有本人的图库，明天先水一篇，试试成果。
星球上有老师问：snpEFF 和 bedtools 都能够正文基因，他们有什么区别？
当我无奈立刻答复时，我都会说：“这是一个好问题”，而后就开始找答案或者总结答案，过后我的答复：
bedtools 是针对多数的位点，snpEff 是针对 vcf 的数据。bedtools 个别是针对显著性的 snp，去查找候选基因。snpEff 是下机的 vcf，定位 snp 是属于哪个地位，不会有上下游的设置
下面的答复根本解释了两者的差别，然而，因为要水一篇，所以要解释一下写篇博客！
1. bedtools 和 snpEFF 软件介绍
这两款软件，官网上具体介绍都有：
bedtools：
https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/index.html
snpEFF：
http://pcingola.github.io/SnpEff/
简短的来说，bedtools 能够解决基因型数据，各种简单的性能，匹配、删减、格局转换等，称为生信界的瑞士军刀。
snpEFF 如同专一于基因正文。
2. 区别 1：数据格式不一样
vcftools 须要 gff 文件和 bed 数据，才能够进行正文。
snpEFF，输出文件是 vcf 格局，另外，他须要基因组数据和 gff 创立数据库（通用的物种官网有现成的，然而举荐自定义构建，不容易出错。
3. 区别 2：是否指定上下游区间
snpEFF 不能指定上下游区间，准确的给出位点在基因组上的区域（内含子、外显子、哪个基因等等）
bedtools，能够指定上下游区间，对于 GWAS 剖析失去的显著性位点，因为存在 LD，所以更灵便，利用更多。
4. 区别 3：应用领域
snpEFF，次要是下机数据，vcf 数据，运算速度快，给出每个 SNP 的信息
bedtools，次要是须要设置上下游区间的位点，比方 GWAS 失去的显著性位点。
下面就是两者的区别，bedtools 正文基因的写过好几篇博客了，下一篇介绍 snpEFF 正文 vcf 的教程。
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