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关于程序员:Docker学习笔记丨可以快速移植重复使用的生信软件安装解决方案助力解决软件安装难题

jiezi

生信入门 Docker 学习笔记

Docker 是一种轻量级的容器化技术，它能够让开发者将应用程序及其依赖打包成一个可移植的容器，从而实现疾速部署、可重复性和高度可移植性，Docker 的核心技术是容器化，它通过将应用程序和其依赖打包到一个容器中，来实现应用程序的运行。

明天分享的学习笔记是 docker 入门操作，帮您解决生信软件装置的难题，如果感觉有用欢送转发分享。

Docker 的劣势

当今软件系统的复杂性越来越高，配置环境也越来越艰难。应用 Docker 能够解决这些问题，它提供了一个轻量级的容器化解决方案，能够让开发人员轻松地构建、部署和管理应用程序。应用 Docker 能够大大简化软件配置和部署的流程，进步开发效率和应用程序的可移植性。

Docker 的劣势包含：

  • 轻量级 ：Docker 容器十分轻量级，能够在几秒钟内启动和敞开，与虚拟机相比，Docker 容器的启动速度要快得多。
  • 可移植性 ：Docker 容器能够在任何反对 Docker 的零碎上运行，无需放心软件依赖或配置问题。
  • 可重复性 ：应用 Docker 能够确保应用程序在不同环境中的行为一致性，从而进步应用程序的可靠性。
  • 易于治理 ：应用 Docker 能够轻松地治理多个应用程序和服务，从而进步管理效率。

生物信息学与 Docker 的分割

生物信息学是一个数据密集型的畛域，须要应用大量的软件工具和库来解决和剖析数据。应用 Docker 能够轻松地配置和治理这些软件工具和库，使其更加牢靠和可移植。例如，能够创立一个蕴含所有必须软件工具和库的 Docker 镜像，而后在任何反对 Docker 的零碎上运行该镜像，而不用放心软件依赖或配置问题。

Docker 的长处在生物信息学畛域中尤为突出，因为生物信息学须要解决大量的数据和简单的计算工作。应用 Docker 能够轻松地部署和治理生物信息学软件工具和库，进步数据处理和剖析的效率和可靠性。

Linux 零碎中应用 Docker

在 Linux 零碎中应用 Docker 非常简单。首先，您须要装置 Docker，您能够通过以下命令在 Ubuntu 上装置 Docker：

sudo apt-get update
sudo apt-get install docker.io

装置实现后，您能够应用以下命令查看 Docker 是否已正确装置：

sudo docker version

如果您看到了 Docker 的版本信息，那么祝贺您，您已胜利装置 Docker。

罕用的 Docker 命令及解释

以下是一些罕用的 Docker 命令及其解释：

  • docker run：启动一个新的容器。
  • docker ps：列出所有正在运行的容器。
  • docker stop：进行一个正在运行的容器。
  • docker rm：删除一个容器。
  • docker images：列出所有本地镜像。
  • docker pull：从 Docker Hub 下载一个镜像。
  • docker push：将一个本地镜像上传到 Docker Hub。

创立与打包镜像的办法

创立一个 Docker 镜像的最简略办法是应用 Dockerfile。Dockerfile 是一个文本文件，其中蕴含一系列指令，用于构建 Docker 镜像。以下是一个简略的 Dockerfile 示例：

FROM ubuntu:latest
RUN apt-get update && apt-get install -y nginx
CMD ["nginx", "-g", "daemon off;"]

应用以下命令来构建镜像：

docker build -t my-nginx-image .

此命令将应用当前目录中的 Dockerfile 构建一个名为“my-nginx-image”的镜像。最初的“.”示意当前目录。

打包镜像也很简略。您能够应用以下命令将镜像打包成一个.tar 文件：

docker save my-nginx-image -o my-nginx-image.tar

此命令将名为“my-nginx-image”的镜像打包成一个名为“my-nginx-image.tar”的文件。

以上是 Docker 的简介、如何在 Linux 零碎中应用 Docker、罕用的 Docker 命令及解释以及创立与打包镜像的办法。

如何用 Docker 装置 R 语言

要在 Linux 零碎中装置 R 语言，能够应用 Docker 来实现。以下是装置 R 语言的步骤：

  1. 装置 Docker：在 Linux 零碎上装置 Docker，具体步骤能够参考 Docker 官网文档。
  2. 搜寻 R 语言镜像：应用 Docker 命令搜寻 R 语言的镜像，例如：
   docker search r-base
  1. 下载 R 语言镜像：应用 Docker 命令下载 R 语言的镜像，例如：
   docker pull r-base
  1. 运行 R 语言容器：应用 Docker 命令运行 R 语言容器，例如：
   docker run -it r-base

运行该命令后，将进入 R 语言的命令行界面，能够在该界面中执行 R 语言的命令。

通过上述步骤，能够轻松地在 Linux 零碎中装置和运行 R 语言，而无需放心软件依赖或配置问题。

实战流程演示

假如我想基于 R 语言初始版本进行搭建软件环境，首先后盾启动容器：

docker run -itd r-base:4.0.0

而后应用 exec 命令进入容器，此时界面显示一个新的零碎，相当于虚构出了一块儿独立空间，在这里操作不会受内部原来宿主机的影响：

docker exec -it abb21e5dac35  bash

在虚构容器中装置调试好了之后，打包容器：

docker commit -a=“mydocker”-m="R" abb21e5dac35  r-cloud:4.0.0.1

而后就能够利用容器运行脚本，此时的容器相当于一个黑匣子，你不必管它怎么运行，只须要丢给它参数，它会返回你后果，简略快捷：

docker run --rm --name 16522 -v /debug:/debug -w /debug r-cloud:4.0.0.1 Rscript plot.R --file_path=test1.txt

本文由 mdnice 多平台公布

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