参考资料
[1] PBS 命令和应用
1、PBS 命令
PBS 提供 4 条命令用于作业管理。
(1) qsub 命令—用于提交作业脚本 命令格局
qsub [-a date_time] [-c interval] [-C directive_prefix] [-e path] [-I] [-j join] [-k keep] [-l resource_list] [-m mail_options] [-M user_list][-N name] [-o path] [-p priority] [-q destination] [-r c] [-S path_list] [-u user_list][-v variable_list] [-V] [-W additional_attributes] [-z]
[script]
-a date_time：date_time 格局为：[[[[CC]YY]MM]DD]hhmm[.SS] 示意通过 date_time 工夫后作业才能够运行。-c interval：定义作业的检查点距离，如果机器不反对检查点，则疏忽此选项。-C directive_prefix：在脚本文件中以 directive_prefix 结尾的行解释为 qsub 的命令选项。（若无此选项，则默认为’#PBS’）-e path：将规范错误信息重定向到 path
-I：以交互方式运行
-j join：将规范输入信息与规范错误信息合并到一个文件 join 中去。-k keep：定义在执行结点上保留规范输入和规范错误信息中的哪个文件。keep 为 o 示意保留前者，e 示意后者，oe 或 eo 示意二者都保留，n 示意皆不保留。若疏忽此选项，二者都不保留。-l resource_list：定义资源列表。以下为几个罕用的资源品种。
cput=N：申请 N 秒的 CPU 工夫; N 也能够是 hh:mm:ss 的模式。mem=N[K|M|G][B|W]：申请 N {kilo|mega|giga}{bytes|words} 大小的内存。nodes=N:ppn=M：申请 N 个结点，每个结点 M 个处理器。-m mail_options：mail_option 为 a：作业 abort 时给用户发信；为 b：作业开始运行发信；为 e：作业完结运行时发信。若无此选项，默认为 a。-M user_list：定义无关此作业的 mail 发给哪些用户。-N name：作业名，限 15 个字符，首字符为字母，无空格。-o path：重定向规范输入到 path。-p priority：工作优先级，整数，[-1024，1023]，若无定义则为 0.
-q destination：destination 有三种模式：queue , @server,queue@server。-r y|n：指明作业是否可运行，y 为可运行，n 为不可运行。-S shell：指明执行运行脚本所用的 shell，须蕴含全门路。-u user_list：定义作业将在运行结点上以哪个用户名来运行。-v variable_list：定义 export 到本作业的环境变量的扩大列表。-V：表明 qsub 命令的所有环境变量都 export 到此作业。-W additional_attributes：作业的其它属性。-z：指明 qsub 命令提交作业后，不在终端显示作业号。pbsnodes -av -F json >> pbsnodes.txt #查看所有节点状态，包含节点上运行的作业
# state = free 闲暇
# resources_available.ncpus = 2 总 CPU 核数
# resources_assigned.ncpus = 0 已应用核数
# resources_available.mem = 4gb 总内存
# resources_assigned.mem = 0kb 可用内存
# resources_available.ngpus = 2 总 GPU 核数
# resources_assigned.ngpus = 0 已应用 GPU 核数
# jobs = 267.anton-test1/0, 268.anton-test1/1 运行的作业列表
# queue = workq 所属队列
qstat -f -F json >> qstat.txt
#查看所有作业数和排队的作业数
#job_state = R 正在运行的作业 =Q 排队的作业
#作业排队的程序就是列表输入的程序
参数阐明：因为所采纳的选项个别放在 pbs 脚本中提交，所以具体见 PBS 脚本选项。例：# qsub aaa.pbs 提交某作业，零碎将产生一个作业号3、PBS 环境下运行示例
(1) 脚本文件编辑示例
实例 1：运行 mpi 程序 命令行：#vi aaa.pbs
编辑的内容：
#PBS -N myjob #PBS -o /home/jz/my.out 规范输入文件
#PBS -e /home/jz/my.err 谬误输入文件
#PBS –l nodes=2:ppn=2 规定应用的节点数以及每个节点能跑多少核
cd 目录（你们原来间接在节点上运行时所在的目录）mpirun –np 4 –hostfile $PBS_NODEFILE /home/jz/helloworld
解释：原先大家都是在中断输出 mpirun_rsh….. 这些命令执行程序的，当初只有把这些提交命令放在.pbs 配置文件的最初，由 PBS 来调度执行（主动调配节点和其它资源）。Myjob 是为你此次要运行的程序起的工作名，能够改成你本人想要的名字原先输入信息都是间接在屏幕上显示的，当初屏幕上的 显示全副输入到文件中，上例中输入文件是 /home/jz/my.out 文件，大家能够依据本人的须要批改（目录，文件名）。程序运行时遇到的一些谬误会 记录在.err 文件中。益处: 因为对每个工作都设定了不同的输入文件，所以看后果只有关上相应文件看就能够了，不须要开多个终端，外面有工作的详细信息，比方理论调配的是哪些节点计算，运行工夫等。#PBS –l nodes=2:ppn=2，你们程序须要几个节点只有批改 nodes 后的数字就能够了，ppn= 2 放弃不变，因为咱们的机器每个节点都是双 cpu 的。mpirun –np 4 –hostfile $PBS_NODEFILE /home/jz/helloworld 此例中 -np 后的 4 是并行数（2×2=4 个 cpu），–hostfile $PBS_NODEFILE 不须要扭转。/home/jz/helloworld 是你编译好的可执行文件名，需批改。对于每个你要运行的 mpi 程序都须要这样一个.pbs 配置文件 也就是说大家原来的操作是：mpirun………… 当初改成 2 步走：1）写个 pbs 配置文件(比方 xxx.pbs)；2）向 pbs 提交（qsub xxx.pbs）实例 2：运行非 mpi 程序 有些用户并不是本人编写 mpi 程序，同样也能够用 pbs 提交。
比方物理系运行程序时个别输出的命令是 RunDMol3.sh TiFeCp2-pbe-dspp-m=1-opt，那么配置文件能够这样写：
命令行：#vi job.pbs 编辑的内容：
#PBS -N physics_job
#PBS -o /home/physics/physics_job.out
#PBS -e /home/physics/physics_job.err
#PBS -l nodes=1:ppn=2
#PBS -r y
cd 目录（你们原来间接在节点上运行时所在的目录）RunDMol3.sh TiFeCp2-pbe-dspp-m=1-opt
解释：也就是说把原来在终端间接输出的命令 RunDMol3.sh TiFeCp2-pbe-dspp-m=1-opt 放到 pbs 配置文件中，因为你们只有一个节点，所以 nodes=1，至于用哪个节点零碎主动调配，你们 必定很关怀是调配了哪个节点给你们，那么能够用 qstat 命令查问（比方 qstat -n）。(2) 提交作业示例
命令行：#qsub aaa.pbs
作业提交后会有一个作业号
[test1@master pbstest]$ qsub pbsjob
48.master (3) 作业状态查问示例
qstat 后加不同参数能够查看不同的信息（各参数的意思，下面有具体的阐明，你们能够一个个试验一下，当前就晓得查看哪些信息，须要哪些参数）实例：命令行：#qstat –a（查看作业的状态）解释：Job id 是给你提交的任务分配的工作号，S（工作状态，R 示意正在运行，Q 示意正在排队等待调度）命令行：#qstat –n（查看作业应用的节点）命令行：#qstat –f 211（查看无关作业运行具体信息）删除作业：qdel 作业号 [test1@master pbstest]$ qdel 48