关于程序员:ChIPseq-分析Peak-注释与可视化9

到目前为止，咱们始终在解决对应于转录因子联合的 ChIPseq 峰。顾名思义，转录因子能够影响其靶基因的表白。

转录因子的指标很难独自从 ChIPseq 数据中确定，因而咱们通常会通过一组简略的规定来正文基因的峰：

如果峰与基因重叠，则通常将峰正文为基因。

ChIPseeker 是一个有用的基因峰正文包。通过在小鼠 TXDB 对象（mm10 基因组）的起源中应用预约义的正文，ChIPseeker 将为咱们提供峰落在基因中的地位以及到 TSS 位点的间隔的概览。

首先加载下一部分所需的库。

library(TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene)
library(org.Mm.eg.db)
library(GenomeInfoDb)
library(ChIPseeker)

annotatePeak 函数承受要正文的区域的 GRanges 对象、基因地位的 TXDB 对象和要从中检索基因名称的数据库对象名称。

peakAnno <- annotatePeak(macsPeaks_GR, tssRegion = c(-500, 500), TxDb = TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene,
    annoDb = "org.Mm.eg.db")

class(peakAnno)

后果是一个蕴含峰正文和整体正文统计信息的 csAnno 对象。

peakAnno

csAnno 对象蕴含无关基因的单个峰的正文信息。要从 csAnno 对象中提取它，ChIPseeker 函数 as.GRanges 或 as.data.frame 可用于生成具备峰及其相干基因的相应对象。

peakAnno_GR <- as.GRanges(peakAnno)
peakAnno_DF <- as.data.frame(peakAnno)
peakAnno_GR[1:2,]

当初咱们有了来自 ChIPseeker 的正文峰，咱们能够应用 ChIPseeker 的一些绘图性能来显示基因特色中峰的散布。在这里，咱们应用 plotAnnoBar 函数将其绘制为条形图，但 plotAnnoPie 会生成相似于饼图的图。

plotAnnoBar(peakAnno)

同样，咱们能够绘制 TSS 站点四周峰值的散布。

plotDistToTSS(peakAnno)

ChIPseeker 还能够提供一个简洁的图来形容正文之间的重叠。

upsetplot(peakAnno, vennpie = F)

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1. 基因正文