关于操作系统:Seqkit220-移植指南openEuler-2003-LTS-SP3

1.软件介绍

seqkit是一种跨平台的、极快的，全面的fasta/q解决工具。seqkit为所有的支流操作系统提供了一种可执行的双元文件，包含Windows，Linux，MacOS X，并且不依赖于任何的配置或事后配置就能够间接应用。

对于seqkit的更多信息请拜访seqkit官网。

语言：go

一句话形容：fasta/q解决工具

开源协定：MIT License

倡议版本：seqkit v2.2.0

2.环境要求

2.1. 硬件要求如下表：

2.2. 软件要求如下表：

2.3. 操作系统要求如下表：

3.移植布局

本章节给出seqkit软件在移植过程中波及到的相干软件装置布局门路的用处及具体阐明。

移植门路布局：

4.配置编译环境

前提条件：应用SFTP工具将各安装包上传至服务器对应目录下。

配置流程：

4.1 搭建鲲鹏基座软件

4.1.1 yum源装置形式

步骤1    在/etc/yum.repos.d/目录下减少配置文件bisheng-compiler.repo：

cat > /etc/yum.repos.d/bisheng-compiler.repo << EOF

[bisheng-compiler]

name=bisheng-compiler

baseurl=https://repo.oepkgs.net/bisheng/aarch64/

enabled=1

gpgcheck=0

priority=100

EOF

步骤2    从yum源下载和装置毕昇编译器rpm包：

yum update
yum install bisheng-compiler -y

步骤3  （可选）清空以后窗口的hash表。

如果零碎中有其余版本的 LLVM 编译器，请在装置毕昇编译器之后立刻运行：

hash -r

避免clang命令被hash捕捉，呈现毕昇编译器或开源LLVM编译器无奈应用的问题。

步骤4    验证装置是否胜利。

装置结束后执行如下命令验证毕昇编译器版本：

clang -v

若返回后果已蕴含bisheng compiler版本信息，阐明装置胜利。

4.1.2 软件包装置形式

步骤 1 筹备工作。

在毕昇编译器产品页抉择“毕昇编译器软件包下载”获取毕昇编译器软件包并且上传至服务器上。

软件包下载页面：https://www.hikunpeng.com/zh/developer/devkit/compiler/bisheng

步骤 2 装置毕昇编译器环境依赖项：

yum install -y gcc glibc libatomic bc tar

步骤 3 创立毕昇编译器装置目录:

mkdir -p /usr/local/bisheng

留神： /usr/local/为举例说明门路，请依据用例寄存理论门路批改。

步骤4 下载毕昇编译器压缩包并解压：

cd /usr/local/bisheng
wget https://mirrors.huaweicloud.com/kunpeng/archive/compiler/bisheng_compiler/bisheng-compiler-2.1.0-aarch64-linux.tar.gz --no-check-certificate
tar -zxvf bisheng-compiler-2.1.0-aarch64-linux.tar.gz

解压实现后在当前目录下呈现名为“bisheng-compiler-2.1.0-aarch64-linux”的目录。

步骤 5 装置environment-modules工具：

yum install environment-modules -y
source /etc/profile

步骤6 创立环境变量配置文件：

vi /usr/local/bisheng/bisheng_modulefiles

新增如下内容：

#%Module1.0
conflict bisheng
prepend-path PATH /usr/local/bisheng/bisheng-compiler-2.1.0-aarch64-linux/bin
prepend-path LD_LIBRARY_PATH /usr/local/bisheng/bisheng-compiler-2.1.0-aarch64-linux/lib

步骤7 在以后shell中加载环境变量：

module use /usr/local/bisheng/
module load /usr/local/bisheng/bisheng_modulefiles

留神：若要防止每关上一个shell就要导入一次变量的状况，倡议可将环境变量写入到零碎配置文件中(可选)：

vi /etc/profile

新增如下内容：

module use /usr/local/bisheng/
module load /usr/local/bisheng/bisheng_modulefiles

步骤 8使环境变量失效。

source /etc/profile

步骤 9 清空以后窗口的hash表(可选)。

如果零碎中有其余版本的 LLVM 编译器，请在装置毕昇编译器之后立刻运行如下命令：

hash -r

避免clang命令被hash捕捉，呈现毕昇编译器或开源LLVM编译器无奈应用的问题。

步骤 10 验证装置是否胜利。

装置结束后执行如下命令验证毕昇编译器版本：

clang -v

若返回后果已蕴含bisheng compiler版本信息，阐明装置胜利。

—-完结

4.2 装置依赖

步骤1：yum装置依赖包:

 yum -y install git gcc gcc-c++ vim
 source /etc/profile

4.3 部署go环境

步骤 1 应用PuTTY工具，以root用户登录服务器。 步骤 2 进入“/home”目录:

cd /home

步骤 3 获取go压缩包：

wget https://dl.google.com/go/go1.18.linux-arm64.tar.gz

步骤 4 创立装置门路：

mkdir -p /usr/local/seqkit/

步骤 5 解压go安装包：

tar -zxvf go1.18.linux-arm64.tar.gz -C /usr/local/seqkit/

注：请以理论压缩包名称进行解压缩操作。 步骤 6 配置环境变量：

vi /usr/local/seqkit/go/go_modulefiles

新增如下内容：

#%Module1.0
conflict go
set GO /usr/local/seqkit/go
setenv GO $GO
prepend-path PATH $GO/bin

步骤 7 加载环境变量:

module use /usr/local/seqkit/go
module load /usr/local/seqkit/go/go_modulefiles

步骤 8 若要防止每关上一个shell就要导入一次变量的状况，倡议可将环境变量写入到零碎配置文件中(可选)：

vi /etc/profile

新增如下内容：

module use /usr/local/seqkit/go
module load /usr/local/seqkit/go/go_modulefiles

步骤 9使环境变量失效。

source /etc/profile

步骤 10 执行以下查看装置门路：

ls /usr/local/seqkit/go/

步骤11 查看版本号：

go version

![]()

步骤 12  将go源替换成国内源：

go env -w GOPROXY=https://goproxy.cn

5.获取源码

步骤 1 下载seqkit安装包“v2.2.0.tar.gz”。

下载地址：https://github.com/shenwei356/seqkit/archive/refs/tags/v2.2.0.tar.gz

6.编译和装置

步骤 1 应用PuTTY工具，以root用户登录服务器。 步骤 2 进入“/home”目录：

cd /home

步骤 3 获取源码包：

wget https://github.com/shenwei356/seqkit/archive/refs/tags/v2.2.0.tar.gz

步骤 4 解压缩包：

mv v2.2.0.tar.gz seqkit-2.2.0.tar.gz && tar -xvf seqkit-2.2.0.tar.gz

步骤 5 进入编译配置：

go env -w CXX=clang++
go env -w CC=clang
go env

步骤 6 进行编译：

cd seqkit-2.2.0/seqkit/
go build

步骤 7 进行装置：

mkdir -p /usr/local/seqkit/seqkit/bin
cp ./seqkit /usr/local/seqkit/seqkit/bin
ls /usr/local/seqkit/seqkit/bin

![]()

步骤 8 环境变量设置：

vi /usr/local/seqkit/seqkit/seqkit_modulefiles

新增如下内容：

#%Module1.0
conflict seqkit 
set SEQKIT /usr/local/seqkit/seqkit
setenv SEQKIT $SEQKIT
prepend-path PATH $SEQKIT/bin

步骤 9 加载环境变量：

module use /usr/local/seqkit/seqkit
module load /usr/local/seqkit/seqkit/seqkit_modulefiles

步骤 10 若要防止每关上一个shell就导入一次变量的状况，倡议可写入到零碎配置文件中(可选)：

vi /etc/profile

新增如下内容：

module use /usr/local/seqkit/seqkit
module load /usr/local/seqkit/seqkit/seqkit_modulefiles

步骤 11 使环境变量失效。

source /etc/profile

—-完结

7.运行和验证

数据起源： 测试验证数据及脚本皆来自seqkit源码包，源码包下载地址见第5章节，数据及脚本所在包中地位：

步骤 1 应用PuTTY工具，以root用户登录服务器。 步骤 2 进入源码包目录。

cd /home/seqkit-2.2.0/

步骤 3 拷贝测试验证脚本到当前目录：

cp tests/test.sh ./

步骤 4 编辑脚本，删除seqkit的生成命令，批改脚本中的seqkit所在门路为装置地位：

vi test.sh

留神：装置门路以理论状况为准。 批改前：

批改后：

步骤 5 执行如下命令验证seqkit的运行：

bash test.sh

步骤 6 查看seqkit工具详情 seqkit –help